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- PDB-6ckn: Crystal structure of an AF10 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckn
タイトルCrystal structure of an AF10 fragment
要素Protein AF-10
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome binding / histone binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. ...: / : / : / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Qin, S. / Tempel, W. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analysis of the DOT1L-AF10 complex reveals mechanistic insights into MLL-AF10-associated leukemogenesis.
著者: Zhang, H. / Zhou, B. / Qin, S. / Xu, J. / Harding, R. / Tempel, W. / Nayak, V. / Li, Y. / Loppnau, P. / Dou, Y. / Min, J.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-10
B: Protein AF-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5844
ポリマ－17,5842
非ポリマー02
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.058, 40.058, 205.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-10 / ALL1-fused gene from chromosome 10 protein


分子量: 8791.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT10, AF10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P55197
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: This crystal's crystallization record is incomplete. We attempted to reconstruct the condition through reference to records from related crystals: 20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate. Additive: 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→41.11 Å / Num. obs: 6558 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 66.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 85873 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Num. unique obs: 696 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 1.322 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
SHELXD位相決定
PARROT位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→39.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.407 / SU Rfree Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.253
詳細: Se-Met SAD phasing with shelx/phaser/parrot. Autotracing with BUCCANEER. Refinement with REFMAC and autobuster.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 652 10.05 %
Rwork0.247 --
obs0.249 6488 99.9 %
原子変位パラメータBiso max: 150.5 Å2 / Biso mean: 79.69 Å2 / Biso min: 55.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.15 Å20 Å20 Å2
2---18.15 Å20 Å2
3---36.2999 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→39.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 0 2 0 975
Biso mean--61.64 --
残基数----132
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d353SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes140HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it980HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1163SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d980HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1323HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.95
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.78 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 183 10.45 %
Rwork0.278 1569 -
all-1752 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11180.5835-2.50720-0.65082.91720.0368-0.05140.17860.24530.0407-0.073-0.1833-0.5199-0.07750.0613-0.1598-0.05530.0031-0.0002-0.1825-31.559633.0791109.74
21.02811.7485-0.26881.8838-2.85342.97160.02170.3008-0.0916-0.12160.0511-0.0047-0.5056-0.1979-0.07270.0863-0.095-0.0073-0.0924-0.0493-0.2007-36.704125.478395.1806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A730 - 795
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B730 - 795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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