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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ckn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an AF10 fragment | ||||||
要素 | Protein AF-10 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleosome binding / histone binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, S. / Tempel, W. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2018 タイトル: Structural and functional analysis of the DOT1L-AF10 complex reveals mechanistic insights into MLL-AF10-associated leukemogenesis. 著者: Zhang, H. / Zhou, B. / Qin, S. / Xu, J. / Harding, R. / Tempel, W. / Nayak, V. / Li, Y. / Loppnau, P. / Dou, Y. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ckn.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ckn.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ckn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8791.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT10, AF10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P55197 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: This crystal's crystallization record is incomplete. We attempted to reconstruct the condition through reference to records from related crystals: 20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate. Additive: 1,6-hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→41.11 Å / Num. obs: 6558 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 66.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 85873 / Scaling rejects: 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Num. unique obs: 696 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 1.322 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→39.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.407 / SU Rfree Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.253 詳細: Se-Met SAD phasing with shelx/phaser/parrot. Autotracing with BUCCANEER. Refinement with REFMAC and autobuster.
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原子変位パラメータ | Biso max: 150.5 Å2 / Biso mean: 79.69 Å2 / Biso min: 55.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→39.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.78 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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