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- PDB-6chu: CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CITE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6chu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CITE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH MAGNESIUM AND ACETATE
要素Citrate lyase subunit beta-like protein
キーワードLYASE / PROTEIN CITE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / ACETATE / TIM-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ / oxaloacetate metabolic process / lyase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase beta subunit-like / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Citrate lyase subunit beta-like protein / Citrate lyase subunit beta-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wang, H. / Bonanno, J.B. / Carvalho, L. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: An essential bifunctional enzyme inMycobacterium tuberculosisfor itaconate dissimilation and leucine catabolism.
著者: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Douglas, H.L. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / de Carvalho, L.P.S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Discovery of a novel stereospecific beta-hydroxyacyl-CoA lyase/thioesterase shared by three metabolic pathways in Mycobacterium tuberculosis
著者: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._audit_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52023年3月1日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate lyase subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2747
ポリマ－29,9521
非ポリマー3236
水2,954164
1
A: Citrate lyase subunit beta-like protein
ヘテロ分子

A: Citrate lyase subunit beta-like protein
ヘテロ分子

A: Citrate lyase subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,82321
ポリマ－89,8563
非ポリマー96818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.135, 91.135, 220.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-512-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Citrate lyase subunit beta-like protein


分子量: 29951.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: citE, Rv2498c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPE1, UniProt: P9WPE0*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: magnesium chloride, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→25 Å / Num. obs: 88184 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.61→1.6321 Å / Num. unique obs: 3368 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U5H

1u5h


解像度: 1.61→24.767 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 23.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 3546 4.02 %
Rwork0.2023 --
obs0.2024 88184 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→24.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 21 164 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7842483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6881109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.63210.36491110.37063368X-RAY DIFFRACTION99
1.6321-1.65540.32941230.35733423X-RAY DIFFRACTION99
1.6554-1.68010.31181340.34633336X-RAY DIFFRACTION99
1.6801-1.70630.36571330.33693378X-RAY DIFFRACTION100
1.7063-1.73430.30361320.33093429X-RAY DIFFRACTION100
1.7343-1.76420.42151410.33283357X-RAY DIFFRACTION100
1.7642-1.79630.30071440.31943369X-RAY DIFFRACTION100
1.7963-1.83080.29821360.28933410X-RAY DIFFRACTION100
1.8308-1.86820.28721660.27073356X-RAY DIFFRACTION100
1.8682-1.90880.25711270.25533392X-RAY DIFFRACTION100
1.9088-1.95310.26181680.243368X-RAY DIFFRACTION100
1.9531-2.0020.20921410.21493389X-RAY DIFFRACTION100
2.002-2.05610.18391550.19673383X-RAY DIFFRACTION100
2.0561-2.11650.21551350.2043371X-RAY DIFFRACTION100
2.1165-2.18480.19721390.19443403X-RAY DIFFRACTION100
2.1848-2.26290.20221240.17823408X-RAY DIFFRACTION100
2.2629-2.35340.1851510.17583372X-RAY DIFFRACTION100
2.3534-2.46040.18691290.18283444X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.590.19081650.18833363X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.75210.27631340.19613396X-RAY DIFFRACTION100
2.7521-2.96420.16541460.20533372X-RAY DIFFRACTION100
2.9642-3.26190.21281720.18563373X-RAY DIFFRACTION100
3.2619-3.73260.16491800.17873353X-RAY DIFFRACTION100
3.7326-4.69740.16221150.15483430X-RAY DIFFRACTION100
4.6974-24.76980.17861450.1813395X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05190.19170.06551.37240.02761.5781-0.00470.11930.1768-0.06630.0866-0.0868-0.21650.0812-0.08120.1838-0.01540.03410.15370.00150.179711.9906-34.605319.4858
26.17225.1192.5576.20871.47957.2611-0.25880.17990.3068-0.3599-0.00740.1241-0.26660.21020.19630.75260.24620.05240.79430.16150.6111-16.6429-34.541810.981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 0:221
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 250:265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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