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- PDB-6aq4: CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CiTE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aq4 | |||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CiTE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH MAGNESIUM, PYRUVATE AND CITRAMALYL-COA | |||||||||
![]() | Citrate lyase subunit beta-like protein | |||||||||
![]() | LYASE / Mycobacterium tuberculosis / CitE / Citramalyl-CoA / TIM-barrel fold / trimer | |||||||||
Function / homology | ![]() Lyases; Carbon-carbon lyases / oxaloacetate metabolic process / lyase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wang, H. / Bonanno, J.B. / Carvalho, L. / Almo, S.C. | |||||||||
![]() | ![]() Title: An essential bifunctional enzyme inMycobacterium tuberculosisfor itaconate dissimilation and leucine catabolism. Authors: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Douglas, H.L. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / de Carvalho, L.P.S. #1: ![]() Title: Discovery of a novel stereospecific beta-hydroxyacyl-CoA lyase/thioesterase shared by three metabolic pathways in Mycobacterium tuberculosis Authors: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 933.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 941.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6arbC ![]() 6as5C ![]() 6chuC ![]() 6cj3C ![]() 6cj4C ![]() 1u5hS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | trimer by gel filtration |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 29967.939 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: citE, Rv2498c / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 7 types, 489 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CQM.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PYR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CQM.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PYR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | ChemComp-PYR / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 / Details: 0.4M Ammonium phosphate, no buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.825→29.276 Å / Num. obs: 154090 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1U5H Resolution: 1.825→29.276 Å / SU ML: 0.58 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / Phase error: 25.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.627 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.825→29.276 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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