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- PDB-6cgn: X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgn
タイトルX-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit dAMP-bound (pH 7)
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / allostery / nucleotide metabolism / dAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA replication / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class 1b, subunit NrdE / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class 1b, subunit NrdE / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Ribonucleoside-diphosphate reductase / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Maggiolo, A.O. / Boal, A.K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: An endogenous dAMP ligand inBacillus subtilisclass Ib RNR promotes assembly of a noncanonical dimer for regulation by dATP.
著者: Parker, M.J. / Maggiolo, A.O. / Thomas, W.C. / Kim, A. / Meisburger, S.P. / Ando, N. / Boal, A.K. / Stubbe, J.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4046
ポリマ－80,7911
非ポリマー6125
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area26930 Å2
2
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,80812
ポリマ－161,5832
非ポリマー1,22510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3530 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area51750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.266, 72.266, 292.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量: 80791.469 Da / 分子数: 1 / 断片: \cf2 \cf0 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tag removed for crystallization / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3413, CFD21_09965 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A162Q3J9, UniProt: P50620*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 % / Mosaicity: 0.519 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 10% (w/v) PEG 6000, 9 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 37643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.26-2.314.21.84617940.7720.5061.9150.845
2.3-2.3414.21.14618650.7960.3141.1890.768
2.34-2.3914.30.97318140.8910.2661.0090.796
2.39-2.4314.30.89718650.8720.2450.930.788
2.43-2.4914.40.78918470.9050.2150.8180.802
2.49-2.5514.30.6918120.9290.1890.7160.861
2.55-2.6114.30.60318580.9420.1650.6250.84
2.61-2.6814.20.58918570.9420.1610.6111.051
2.68-2.7614.30.46118390.9660.1260.4780.864
2.76-2.8514.20.35718520.9780.0980.370.889
2.85-2.9514.20.29518550.9820.0810.3060.923
2.95-3.0714.10.26518660.9860.0730.2750.973
3.07-3.2114.10.20418840.9910.0560.2121.033
3.21-3.38140.16118820.9930.0440.1671.119
3.38-3.5913.90.14818840.9940.0410.1541.408
3.59-3.8613.80.11118900.9970.0310.1151.465
3.86-4.2513.40.08519350.9980.0240.0891.329
4.25-4.8713.70.06119290.9980.0170.0630.985
4.87-6.1313.50.05519590.9990.0160.0580.753
6.13-5012.70.03621560.9990.010.0380.643

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.26→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.352 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.224
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2457 1779 4.7 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2212 35718 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.57 Å2 / Biso mean: 34.96 Å2 / Biso min: 18.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5479 0 39 111 5629
Biso mean--33.59 30.25 -
残基数----674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0191.9497585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856312214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44124.536280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.757151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3841527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021330
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.318 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 105 -
Rwork0.302 2527 -
all-2632 -
obs--97.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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