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- PDB-6cgl: X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reduc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cgl | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit dAMP-bound as-isolated (pH 4) | |||||||||
![]() | Ribonucleoside-diphosphate reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / allostery / nucleotide metabolism / dAMP | |||||||||
Function / homology | ![]() ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA replication / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maggiolo, A.O. / Boal, A.K. | |||||||||
![]() | ![]() Title: An endogenous dAMP ligand inBacillus subtilisclass Ib RNR promotes assembly of a noncanonical dimer for regulation by dATP. Authors: Parker, M.J. / Maggiolo, A.O. / Thomas, W.C. / Kim, A. / Meisburger, S.P. / Ando, N. / Boal, A.K. / Stubbe, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 276.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 222.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6cgmC ![]() 6cgnC ![]() 1pemS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 80791.469 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: \cf2 \cf0 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: tag removed for crystallization / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A162Q3J9, UniProt: P50620*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.39 % / Mosaicity: 0.339 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 0.1 M citric acid (pH 4.0), 1.6 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 37370 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.224 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 3.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1PEM Resolution: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 21.819 / SU ML: 0.352 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.478 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.68 Å2 / Biso mean: 74.388 Å2 / Biso min: 17.26 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.201→3.284 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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