ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | REFMAC | 5.8.0135精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CF8 解像度: 2.04→64.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.469 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.16 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2199 | 1920 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1773 | - | - | - |
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obs | 0.1793 | 37371 | 99.08 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 112.77 Å2 / Biso mean: 42.486 Å2 / Biso min: 25.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.01 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→64.34 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4192 | 0 | 80 | 291 | 4563 |
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Biso mean | - | - | 54.4 | 47.91 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 506 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.01 | 0.02 | 4389 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.003 | 0.02 | 4169 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.314 | 1.977 | 5931 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.977 | 3.003 | 9613 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.27 | 5 | 508 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.127 | 24.908 | 218 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.078 | 15 | 808 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg13.595 | 15 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.079 | 0.2 | 644 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.006 | 0.02 | 4861 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 1042 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.041→2.094 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.288 | 167 | - |
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Rwork | 0.244 | 2683 | - |
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all | - | 2850 | - |
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obs | - | - | 99.55 % |
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