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万見
- PDB-6cf1: Proteus vulgaris HigA antitoxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cf1
タイトルProteus vulgaris HigA antitoxin structure
要素Antitoxin HigA
キーワードANTITOXIN / Helix-turn-helix motif / transcriptional regulator / toxin-antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Antitoxin HigA
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Ei Cho, S. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by the HigA antitoxin.
著者: Schureck, M.A. / Meisner, J. / Hoffer, E.D. / Wang, D. / Onuoha, N. / Ei Cho, S. / Lollar 3rd, P. / Dunham, C.M.
履歴
登録2018年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA
B: Antitoxin HigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4017
ポリマ－30,2062
非ポリマー1955
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.610, 40.700, 45.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HigA / Antidote protein / Host inhibition of growth protein A


分子量: 15102.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaSCN and 20% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月2日
放射モノクロメーター: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.672 Å / Num. obs: 14531 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 2046 / CC1/2: 0.838 / Rrim(I) all: 0.718 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSVERSION May 1, 2016データ削減
XSCALEVERSION May 1, 2016データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCT

4mct


解像度: 1.9→43.672 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1454 10.01 %
Rwork0.1804 --
obs0.1843 14528 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 5 146 1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3481982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.798543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.28731450.27861298X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-2.04670.30991420.23611284X-RAY DIFFRACTION99
2.0467-2.13980.2321440.19541295X-RAY DIFFRACTION99
2.1398-2.25260.2421480.18571331X-RAY DIFFRACTION100
2.2526-2.39370.22211430.16611282X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.57850.20551420.16761277X-RAY DIFFRACTION98
2.5785-2.8380.22451480.16351332X-RAY DIFFRACTION100
2.838-3.24850.21261440.16821304X-RAY DIFFRACTION99
3.2485-4.09230.1951490.16091332X-RAY DIFFRACTION99
4.0923-43.68330.20281490.18911339X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1211-0.23751.07542.4981-3.5175.44960.0921-0.1549-0.14280.01460.04670.52150.0143-0.3114-0.12380.20720.01460.0420.26740.03190.2966-22.4217-9.97975.2592
28.7029-1.4141-1.45744.33461.20486.23590.0545-0.6201-0.46190.42590.0072-0.20130.35280.42810.08140.2125-0.0211-0.00530.25370.05870.2207-8.3918-18.35118.0585
34.4627-2.91470.39643.8545-3.23985.104-0.2247-0.22890.31770.31420.0719-0.2103-0.8999-0.07170.0420.2696-0.0252-0.02450.2413-0.04510.2367-9.6757-6.86146.3141
41.6546-2.0162-0.02064.7879-0.31630.405-0.04480.03420.02510.0520.0660.1012-0.08570.1042-0.00490.2273-0.01610.01570.20920.00360.1745-16.4911-7.6817-4.1704
53.64470.816-2.55486.542-3.53923.41850.0416-0.0621-0.10490.19360.04670.1264-0.5721-0.31770.09730.19690.0211-0.00110.24080.0010.2964-25.094414.5583-11.977
66.6135-4.40553.88294.740.04416.17070.38850.5555-0.2361-1.2813-0.4245-0.12390.83470.3066-0.00730.43750.02740.06910.3388-0.02850.2946-11.88417.8106-23.4153
74.1335-2.6449-2.53553.53580.2192.6354-0.0713-0.06160.25290.0027-0.183-0.2171-0.62110.18050.17840.286-0.0025-0.04040.24440.03580.2516-14.882520.2866-18.0507
88.9975-5.2374-2.52814.70544.9748.1265-0.2732-0.3774-0.4529-0.0010.0877-0.50760.19320.43150.10190.2407-0.02360.05770.23110.0460.283-8.770315.2233-12.8552
92.8701-1.1144-0.47673.5966-0.43543.00440.2118-0.0844-0.0528-0.1319-0.0789-0.19730.0730.1047-0.05260.1682-0.0060.0380.1417-0.00660.1599-16.34658.6722-12.6692
104.4997-5.48552.29538.2482-0.88123.50720.29370.3754-0.0328-0.4-0.3008-0.27170.21650.1465-0.06440.1958-0.02260.03110.18140.01220.2036-12.9553-1.9971-14.2438
114.39134.0511-2.38634.0688-2.30944.21360.17050.3949-0.1520.0357-0.1571-0.3783-0.04020.14210.06380.26830.0394-0.01940.33950.00990.3627-7.6118-20.5331-5.2491
125.5095-5.0586-4.8858.70673.27184.740.286-0.6620.3840.42221.1481-1.0671-0.14020.7246-0.20290.4696-0.006-0.08070.5821-0.02660.5293-6.0074-34.4295-5.7561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 20 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 21 through 31 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 32 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 43 through 63 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 64 through 79 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 80 through 94 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 95 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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