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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6chv | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Proteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITOXIN/DNA / Helix-turn-helix DNA binding protein / DNA-protein complex / toxin-antitoxin systems / ANTITOXIN / ANTITOXIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtoxin sequestering activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Proteus vulgaris (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Onuoha, N. / Dunham, C.M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2019Title: Structural basis of transcriptional regulation by the HigA antitoxin. Authors: Schureck, M.A. / Meisner, J. / Hoffer, E.D. / Wang, D. / Onuoha, N. / Ei Cho, S. / Lollar 3rd, P. / Dunham, C.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6chv.cif.gz | 366 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6chv.ent.gz | 295.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6chv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6chv_validation.pdf.gz | 499.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6chv_full_validation.pdf.gz | 501.6 KB | Display | |
| Data in XML | 6chv_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6chv_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chv | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6cf1C ![]() 4mctS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13213.810 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus vulgaris (bacteria) / Gene: higA / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 6390.175 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Proteus vulgaris (bacteria)#3: DNA chain | Mass: 6492.219 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Proteus vulgaris (bacteria)#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.51 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M CaCl2 and 10-25% w/v PEG 3,350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.9→40.41 Å / Num. obs: 76031 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MCT Resolution: 2.9→39.724 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.96
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 178.97 Å2 / Biso mean: 91.3467 Å2 / Biso min: 35.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→39.724 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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