+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6chv | ||||||
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Title | Proteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITOXIN/DNA / Helix-turn-helix DNA binding protein / DNA-protein complex / toxin-antitoxin systems / ANTITOXIN / ANTITOXIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information toxin sequestering activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Proteus vulgaris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Onuoha, N. / Dunham, C.M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2019 Title: Structural basis of transcriptional regulation by the HigA antitoxin. Authors: Schureck, M.A. / Meisner, J. / Hoffer, E.D. / Wang, D. / Onuoha, N. / Ei Cho, S. / Lollar 3rd, P. / Dunham, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6chv.cif.gz | 366 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6chv.ent.gz | 295.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6chv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6cf1C 4mctS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13213.810 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus vulgaris (bacteria) / Gene: higA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7A224 #2: DNA chain | Mass: 6390.175 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Proteus vulgaris (bacteria) #3: DNA chain | Mass: 6492.219 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Proteus vulgaris (bacteria) #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M CaCl2 and 10-25% w/v PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→40.41 Å / Num. obs: 76031 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MCT Resolution: 2.9→39.724 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.96
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 178.97 Å2 / Biso mean: 91.3467 Å2 / Biso min: 35.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→39.724 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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