[日本語] English
万見
- PDB-3pjp: A Tandem SH2 Domain in Transcription Elongation Factor Spt6 Binds... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pjp
タイトルA Tandem SH2 Domain in Transcription Elongation Factor Spt6 Binds the Phosphorylated RNA Polymerase II C-terminal Repeat Domain(CTD)
要素Transcription elongation factor SPT6
キーワードTRANSCRIPTION / SH2 / transcription elongation / CTD binding / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / regulation of mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to stress / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin ...transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / regulation of mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to stress / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / G1/S transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly / histone binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 ...: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RuvA domain 2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sun, M. / Lariviere, L. / Dengl, S. / Mayer, A. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: A tandem SH2 domain in transcription elongation factor Spt6 binds the phosphorylated RNA polymerase II C-terminal repeat domain (CTD).
著者: Sun, M. / Lariviere, L. / Dengl, S. / Mayer, A. / Cramer, P.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年11月24日ID: 3OR8
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor SPT6
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5997
ポリマ－47,1682
非ポリマー4315
水8,719484
1
A: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7023
ポリマ－23,5841
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8974
ポリマ－23,5841
非ポリマー3133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Transcription elongation factor SPT6
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子

A: Transcription elongation factor SPT6
B: Transcription elongation factor SPT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,19814
ポリマ－94,3364
非ポリマー86310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area35920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.240, 57.020, 87.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6


分子量: 23583.877 Da / 分子数: 2 / 断片: tandem SH2 domain, UNP residues 1250-1444 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0L04774g, SPT6 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FLB1
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22-24% PEG 8000, 50MM MES, 0.2M SODIUM ACETATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91881 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91881 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→71.043 Å / Num. all: 58807 / Num. obs: 56066 / 冗長度: 2.12 % / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 13.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→35.04 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 2837 5.06 %
Rwork0.198 --
obs0.2 56064 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.54 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 89.3 Å2 / Biso mean: 27.0281 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2441 Å2-0 Å21.5096 Å2
2---8.2926 Å20 Å2
3---12.5367 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 28 484 3788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.62760.38171370.33252653279096
1.6276-1.65720.37711360.31832655279196
1.6572-1.68910.34141370.29142669280696
1.6891-1.72360.32871280.27892641276996
1.7236-1.76110.27891520.25832640279295
1.7611-1.8020.31761490.25662646279596
1.802-1.84710.27571250.24982682280796
1.8471-1.8970.32071540.21522663281796
1.897-1.95280.26491300.21722673280395
1.9528-2.01590.29681320.21042680281296
2.0159-2.08790.23351520.21482657280996
2.0879-2.17150.24131490.20092623277296
2.1715-2.27030.22621520.19042636278895
2.2703-2.390.21861500.18682668281896
2.39-2.53970.24181430.19722667281096
2.5397-2.73570.22191310.19052682281395
2.7357-3.01090.25591490.19522662281195
3.0109-3.44620.23211390.18892648278795
3.4462-4.34060.20371470.15982620276793
4.3406-35.0490.2031450.18072762290795
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.0948 Å / Origin y: 25.6258 Å / Origin z: 15.7248 Å
111213212223313233
T0.0797 Å2-0.0234 Å20.0038 Å2-0.0901 Å2-0.0063 Å2--0.0786 Å2
L0.1079 °2-0.571 °20.0829 °2-0.6636 °2-0.1028 °2--0.1475 °2
S-0.0214 Å °-0.0622 Å °-0.0081 Å °0.0925 Å °0.0096 Å °0.0015 Å °-0.0018 Å °-0.0061 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1251 - 1444
2X-RAY DIFFRACTION1ALLB1250 - 1444
3X-RAY DIFFRACTION1ALLA1445 - 1446
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB1445 - 1447
5X-RAY DIFFRACTION1ALLA1447 - 1707
6X-RAY DIFFRACTION1ALLB1448 - 1670

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る