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Yorodumi- PDB-6ce2: Crystal structure of Myotoxin I (MjTX-I) from Bothrops moojeni co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ce2 | ||||||
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Title | Crystal structure of Myotoxin I (MjTX-I) from Bothrops moojeni complexed to inhibitor suramin | ||||||
Components | Basic phospholipase A2 homolog 1 | ||||||
Keywords | TOXIN / Myotoxin I / MjTX-I / PLA2-like / Suramin | ||||||
Function / homology | Function and homology information phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Structural and functional characterization of suramin-bound MjTX-I from Bothrops moojeni suggests a particular myotoxic mechanism. Authors: Salvador, G.H.M. / Dreyer, T.R. / Gomes, A.A.S. / Cavalcante, W.L.G. / Dos Santos, J.I. / Gandin, C.A. / de Oliveira Neto, M. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ce2.cif.gz | 119.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ce2.ent.gz | 90 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ce2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6ce2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6ce2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3t0rS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13791.144 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bothrops moojeni (Brazilian lancehead) / Tissue: Venom gland / References: UniProt: P82114 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SVR / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 32% (w/v) PEG 4000; 0.1 M Tris HCl; 0.15 M Magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.325 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.325 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→40 Å / Num. obs: 16854 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 28.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 77742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3T0R Resolution: 2.15→25.569 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 25.96
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.79 Å2 / Biso mean: 38.5084 Å2 / Biso min: 15.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→25.569 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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