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- PDB-6c9u: Crystal structure of [KS3][AT3] didomain from module 3 of 6-deoxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9u
タイトルCrystal structure of [KS3][AT3] didomain from module 3 of 6-deoxyerthronolide B synthase in complex with antibody fragment (Fab)
要素
  • 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4
  • Heavy chain of Fab 1B2
  • Light chain of Fab 1B2
キーワードTRANSFERASE/immune system / DEBS / PKS / polyketide synthase / 6-deoxyerthronolide B synthase / Fab / antibody / phage display / TRANSFERASE-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain ...Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Erythronolide synthase EryA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Deis, L.N. / Li, X. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087934 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structure-Function Analysis of the Extended Conformation of a Polyketide Synthase Module.
著者: Li, X. / Sevillano, N. / La Greca, F. / Deis, L. / Liu, Y.C. / Deller, M.C. / Mathews, I.I. / Matsui, T. / Cane, D.E. / Craik, C.S. / Khosla, C.
履歴
登録2018年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4
L: Light chain of Fab 1B2
H: Heavy chain of Fab 1B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0466
ポリマ－151,9613
非ポリマー853
水12,250680
1
A: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4
L: Light chain of Fab 1B2
H: Heavy chain of Fab 1B2
ヘテロ分子

A: 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4
L: Light chain of Fab 1B2
H: Heavy chain of Fab 1B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,09312
ポリマ－303,9226
非ポリマー1706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)115.768, 139.684, 102.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4 / DEBS 2 / 6-deoxyerythronolide B synthase II / Erythronolide synthase / ORF B


分子量: 99797.750 Da / 分子数: 1 / 断片: [KS3][AT3] didomain from module 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03132, 6-deoxyerythronolide-B synthase

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Light chain of Fab 1B2


分子量: 25715.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Heavy chain of Fab 1B2


分子量: 26447.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 683分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM potassium citrate, 20%(w/v) PEG 3,350 and 12% ethylene glycol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.092→46.08 Å / Num. obs: 93106 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 2.44
反射 シェル解像度: 2.09→2.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QO3, 1SBS

2qo3

1sbs


解像度: 2.09→46.08 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1922 2.15 %
Rwork0.166 --
obs0.167 89427 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9816 0 3 680 10499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09413708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.176035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0915-2.14380.25861290.20045653X-RAY DIFFRACTION85
2.1438-2.20180.23081290.18615913X-RAY DIFFRACTION89
2.2018-2.26660.22291300.17896067X-RAY DIFFRACTION91
2.2666-2.33970.20331320.1776131X-RAY DIFFRACTION92
2.3397-2.42330.21441320.16886109X-RAY DIFFRACTION93
2.4233-2.52030.22411390.16976184X-RAY DIFFRACTION93
2.5203-2.6350.22361320.17175982X-RAY DIFFRACTION90
2.635-2.7740.24991330.1816175X-RAY DIFFRACTION93
2.774-2.94770.25191450.18746500X-RAY DIFFRACTION97
2.9477-3.17530.24311440.18556531X-RAY DIFFRACTION98
3.1753-3.49470.22141460.17296645X-RAY DIFFRACTION99
3.4947-4.00010.19511450.15616538X-RAY DIFFRACTION98
4.0001-5.03880.16331390.13256409X-RAY DIFFRACTION95
5.0388-46.08910.19251470.16456668X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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