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- PDB-6c7o: Crystal structure of D477G ACO/RPE65 chimera, trigonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7o
タイトルCrystal structure of D477G ACO/RPE65 chimera, trigonal crystal form
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / chimera / 7-bladed propeller / dominant mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kiser, P.D. / Shi, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
Department of Veterans AffairsIK2BX002683 米国
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2018
タイトル: Insights into the pathogenesis of dominant retinitis pigmentosa associated with a D477G mutation in RPE65.
著者: Choi, E.H. / Suh, S. / Sander, C.L. / Hernandez, C.J.O. / Bulman, E.R. / Khadka, N. / Dong, Z. / Shi, W. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9144
ポリマ－108,8032
非ポリマー1122
水543
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4572
ポリマ－54,4011
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4572
ポリマ－54,4011
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.520, 126.520, 159.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number149
Space group name H-MP312
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54401.344 Da / 分子数: 2
変異: P44L, D45W, P431S, R432H, G434D, G435A, V436L, A437E, W442V, D461N, Q463K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6 and 21% w/v sodium polyacrylate 2100

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.97918
シンクロトロンNSLS-II 17-ID-120.918401
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2017年8月20日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2017年9月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.9184011
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 25537 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 2.916 / Num. unique obs: 4090 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C7K

6c7k


解像度: 3.15→49.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 46.325 / SU ML: 0.607 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26579 1269 5 %RANDOM
Rwork0.23155 ---
obs0.23327 24267 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 164.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.58 Å2-4.29 Å2-0 Å2
2---8.58 Å20 Å2
3---27.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7536 0 2 3 7541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9681.95210566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79316290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8945956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00123.825366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.061151200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9221544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.49816.743830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.49816.743829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.94125.1134784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9425.1134785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75316.8523936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.75116.8523936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8125.2065782
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.1998025
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.1998024
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 30086 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.02 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 91 -
Rwork0.528 1764 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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