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万見
- PDB-6c4x: Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmmem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4x
タイトルCross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmmem
要素cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
キーワードDE NOVO PROTEIN / Protein Design / Cross-alpha Amyloid
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Liu, L. / Zhang, S.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM122603 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures.
著者: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2018年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
B: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
C: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
D: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
E: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
F: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
G: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
H: cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,78110
ポリマ－22,5978
非ポリマー1842
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Fibrils confirmed by Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.676, 82.676, 155.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
cross-alpha amyloid-like membrane peptide alpha-AmMEM


分子量: 2824.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35% MPD, 0.2 M MgCl2 and imidazole 0.1 M pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→72 Å / Num. obs: 7070 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.55→3.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3.55→71.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 58.227 / SU ML: 0.844 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.727 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34514 206 5 %RANDOM
Rwork0.30746 ---
obs0.30948 3944 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 96.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.26 Å21.63 Å20 Å2
2--3.26 Å2-0 Å2
3----10.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.55→71.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1323 0 9 3 1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3682.0291824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99233056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5545187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.23724.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.47515204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.00610.508772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.00110.509771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.98315.679951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.97815.681952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.92611.353564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.92111.357565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.35616.773874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.0455201
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.0435202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 10 -
Rwork0.37 287 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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