+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d02 | |||||||||
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Title | Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmL, 2nd form | |||||||||
Components | alpha-Amyloid peptide alphaAmL | |||||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / alpha-amyloid / protein desidn / de Novo / coiled-coil / fabril | |||||||||
Function / homology | CARBONATE ION / PHOSPHATE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Zhang, S.-Q. / Liu, L. / Degrado, W.F. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures. Authors: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d02.cif.gz | 307.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d02.ent.gz | 257.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d02.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d02 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6c4xC 6c4yC 6c4zC 6c50C 6c51SC 6c52C 6o3nC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2974.649 Da / Num. of mol.: 32 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CO3 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 45% MPD, 0.6 M NaH2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→108 Å / Num. obs: 41301 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.9 % / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4048 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6C51 generated antiparallel bundle Resolution: 2.5→19.977 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 68.01 / Phase error: 26.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→19.977 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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