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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4uow | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the titin M10-Obscurin Ig domain 1 complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / TRANSFERASE / SARCOMERE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein localization to M-band / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / : ...protein localization to M-band / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / : / cardiac myofibril assembly / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / actinin binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / myofibril / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / RHOA GTPase cycle / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / muscle contraction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / response to calcium ion / sarcolemma / Z disc / actin filament binding / Platelet degranulation / G alpha (12/13) signalling events / protease binding / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2015Title: The Crystal Structure of the Human Titin:Obscurin Complex Reveals a Conserved Yet Specific Muscle M-Band Zipper Module. Authors: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Pandini, A. / Holt, M. / Kleinjung, J. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 4uow.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4uow.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4uow.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4uow_validation.pdf.gz | 649.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4uow_full_validation.pdf.gz | 678.9 KB | Display | |
| Data in XML | 4uow_validation.xml.gz | 106.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4uow_validation.cif.gz | 143.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uow | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4c4kC ![]() 2wp3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Protein | Mass: 10479.673 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: FIRST IG DOMAIN, RESIDUES 26829-26925 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TTN / Production host: ![]() References: UniProt: Q8WZ42, UniProt: Q5VST9*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 9930.262 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: M10 DOMAIN, RESIDUES 7-99 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OBSCN, KIAA1556, KIAA1639 / Production host: ![]() References: UniProt: Q5VST9, UniProt: Q8WZ42*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-NA / | Sequence details | INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAGE INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAG | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.3 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 3.6 Details: 3.0 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 3.6 BATCH SETUP |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9778 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2010 / Details: MIRRORS |
| Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→40 Å / Num. obs: 64369 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 48.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 4.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.48 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2WP3 Resolution: 3.3→39.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9107 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.424
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| Displacement parameters | Biso mean: 47.3 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→39.43 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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