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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uow | ||||||
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Title | Crystal structure of the titin M10-Obscurin Ig domain 1 complex | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / TRANSFERASE / SARCOMERE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY | ||||||
Function / homology | ![]() protein localization to M-band / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding ...protein localization to M-band / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding / cardiac myofibril assembly / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle hypertrophy / cardiac muscle tissue morphogenesis / actinin binding / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / myofibril / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / RHOA GTPase cycle / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / muscle contraction / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / sarcolemma / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / G alpha (12/13) signalling events / protease binding / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / nuclear body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of the Human Titin:Obscurin Complex Reveals a Conserved Yet Specific Muscle M-Band Zipper Module. Authors: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Pandini, A. / Holt, M. / Kleinjung, J. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c4kC ![]() 2wp3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
#1: Protein | Mass: 10479.673 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: FIRST IG DOMAIN, RESIDUES 26829-26925 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8WZ42, UniProt: Q5VST9*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 9930.262 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: M10 DOMAIN, RESIDUES 7-99 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5VST9, UniProt: Q8WZ42*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-NA / | Sequence details | INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAGE INITIAL GSS IS DERIVED FROM VECTOR AFTER TEV CLEAVAG | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.3 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 3.6 Details: 3.0 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 3.6 BATCH SETUP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2010 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WP3 Resolution: 3.3→39.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9107 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.424
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Displacement parameters | Biso mean: 47.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→39.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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