[日本語] English
万見
- PDB-6c3u: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae fosfomycin resistance ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c3u
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae fosfomycin resistance protein (FosAKP) with inhibitor (ANY2) bound
要素FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / fosfomycin / FosA / FosAKP / glutathione S-transferase / ANY2 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NY2 / FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase / Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Small-Molecule Inhibitor of FosA Expands Fosfomycin Activity to Multidrug-Resistant Gram-Negative Pathogens.
著者: Tomich, A.D. / Klontz, E.H. / Deredge, D. / Barnard, J.P. / McElheny, C.L. / Eshbach, M.L. / Weisz, O.A. / Wintrode, P. / Doi, Y. / Sundberg, E.J. / Sluis-Cremer, N.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
B: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
C: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
D: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,85013
ポリマ－65,2374
非ポリマー1,6129
水12,863714
1
A: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
B: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4717
ポリマ－32,6192
非ポリマー8525
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
C: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
D: FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3796
ポリマ－32,6192
非ポリマー7604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.765, 68.837, 90.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...
21(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...
31(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...
41(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLNGLN(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA2 - 232 - 23
12LEULEUGLYGLY(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA25 - 4325 - 43
13ASPASPASPASP(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA4444
14METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
15METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
16METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
17METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
18METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
19METMETGLUGLU(chain A and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...AA1 - 1381 - 138
21LEULEUGLNGLN(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB2 - 232 - 23
22LEULEUGLYGLY(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB25 - 4325 - 43
23ASPASPASPASP(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB4444
24METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
25METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
26METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
27METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
28METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
29METMETGLUGLU(chain B and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...BB1 - 1381 - 138
31LEULEUGLNGLN(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC2 - 232 - 23
32LEULEUGLYGLY(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC25 - 4325 - 43
33ASPASPASPASP(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC4444
34METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
35METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
36METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
37METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
38METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
39METMETGLUGLU(chain C and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...CC1 - 1381 - 138
41LEULEUGLNGLN(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD2 - 232 - 23
42LEULEUGLYGLY(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD25 - 4325 - 43
43ASPASPASPASP(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD4444
44METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137
45METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137
46METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137
47METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137
48METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137
49METMETPHEPHE(chain D and (resseq 2:23 or resseq 25:43 or (resid...DD1 - 1371 - 137

-
要素

#1: タンパク質
FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase / Glutathione transferase


分子量: 16309.347 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: AGG09_10885, B8011_01255, BL102_0004085, CEO55_05040
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086IRG1, UniProt: A0A0H3GM04*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-NY2 / 3-bromo-6-(4-nitro-1H-pyrazol-3-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2(1H)-one


分子量: 325.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5BrN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % / 解説: Single rectangular prisms
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Mother liquor: 20% PEG 3350 0.1M Bis Tris pH 5.5 0.2M NH4SO4 Protein at 11.5 mg/mL was combined with ANY2 at a final concentration of 2.5mM, and MnCl2 at 0.6mM. Sample was centrifuged and ...詳細: Mother liquor: 20% PEG 3350 0.1M Bis Tris pH 5.5 0.2M NH4SO4 Protein at 11.5 mg/mL was combined with ANY2 at a final concentration of 2.5mM, and MnCl2 at 0.6mM. Sample was centrifuged and supernatant 1uL of supernatant was combined with 1uL of mother liquor. Crystals were improved by streak seeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.53 Å / Num. obs: 45290 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 9.01
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 4448 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5v3d

5v3d


解像度: 1.85→37.527 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 2280 5.13 %
Rwork0.1845 --
obs0.1859 44417 94.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 54.32 Å2 / Biso mean: 21.6612 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→37.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4273 0 86 714 5073
Biso mean--28.1 30.19 -
残基数----551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6386103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8992562
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2291X-RAY DIFFRACTION7.083TORSIONAL
12B2291X-RAY DIFFRACTION7.083TORSIONAL
13C2291X-RAY DIFFRACTION7.083TORSIONAL
14D2291X-RAY DIFFRACTION7.083TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8501-1.89030.30071440.27752632277695
1.8903-1.93430.3251200.26592634275494
1.9343-1.98270.26081310.23582633276495
1.9827-2.03630.26081470.21582660280795
2.0363-2.09620.28051450.22412553269893
2.0962-2.16380.27231240.20412573269792
2.1638-2.24120.27171610.20632531269293
2.2412-2.33090.2283980.19562687278595
2.3309-2.4370.21631290.19142676280596
2.437-2.56540.2421660.1962661282797
2.5654-2.72610.231570.19562654281196
2.7261-2.93650.20661640.18342572273693
2.9365-3.23190.1791870.16682691287897
3.2319-3.69920.18081530.14912671282496
3.6992-4.65920.15841400.1412570271092
4.6592-37.53450.1561140.17272739285394

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る