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- PDB-5wep: Crystal structure of fosfomycin resistance protein FosA3 with inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wep
タイトルCrystal structure of fosfomycin resistance protein FosA3 with inhibitor (ANY1) bound
要素FosA3
キーワードtransferase/transferase inhibitor / fosfomycin / FosA / FosA3 / glutathione S-transferase / ANY1 / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.502 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Small-Molecule Inhibitor of FosA Expands Fosfomycin Activity to Multidrug-Resistant Gram-Negative Pathogens.
著者: Tomich, A.D. / Klontz, E.H. / Deredge, D. / Barnard, J.P. / McElheny, C.L. / Eshbach, M.L. / Weisz, O.A. / Wintrode, P. / Doi, Y. / Sundberg, E.J. / Sluis-Cremer, N.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FosA3
B: FosA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6976
ポリマ－32,4922
非ポリマー1,2054
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, FosA3 shares high sequence identity with other FosA enzymes known to be homodimers.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.181, 73.181, 123.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...
21(chain B and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...AA1 - 21 - 2
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...AA33
13METMETASPASP(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...AA1 - 1381 - 138
14METMETASPASP(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...AA1 - 1381 - 138
15METMETASPASP(chain A and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...AA1 - 1381 - 138
21METMETMETMET(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB11
22METMETPHEPHE(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1371 - 137
23METMETPHEPHE(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1371 - 137
24METMETPHEPHE(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1371 - 137
25METMETPHEPHE(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1371 - 137

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要素

#1: タンパク質 FosA3 / Fosfomycin resistance protein / Fosfomycin resistance protein FosA / Fosfomycin resistance protein ...Fosfomycin resistance protein / Fosfomycin resistance protein FosA / Fosfomycin resistance protein FosA3 / FosA3 / Glutathione transferase / Glutathione transferase FosA


分子量: 16246.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: fosA3, BJJ90_27535, BJJ90_28665, BK248_24890, BK251_28530, BK292_28610, BK334_27385, BK337_26185, BK373_27910, BK375_28485, BK383_28445, BK400_25020, pCTXM123_C0996_13, pEC012_00045, pHN7A8_014, pHNFP460_053
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7UQM0
#2: 化合物 ChemComp-A81 / 6,6'-(4-nitro-1H-pyrazole-3,5-diyl)bis(3-bromopyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2(1H)-one)


分子量: 537.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H7Br2N9O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 12 mg/ml FosA3 6mM MnCl2 2.5mM ANY1 100mM KCl Centrifuge 19,150 for 10 min. Combine 250nL supernatant with 250nL mother liquor (20% PEG3350, 200mM Magnesium formate) in ...詳細: Protein solution: 12 mg/ml FosA3 6mM MnCl2 2.5mM ANY1 100mM KCl Centrifuge 19,150 for 10 min. Combine 250nL supernatant with 250nL mother liquor (20% PEG3350, 200mM Magnesium formate) in sitting drops. Crystals appeared after 1 week.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332, 0.9201
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.92011
反射解像度: 3.5→28.933 Å / Num. obs: 4378 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 125.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.5-3.845.40.7170.7920.3280.79194.3
8.58-28.934.90.0360.9980.0170.0491.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VB0

5vb0


解像度: 3.502→28.933 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 222 5.08 %
Rwork0.2139 --
obs0.2162 4368 95.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 186.99 Å2 / Biso mean: 123.1448 Å2 / Biso min: 83.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.502→28.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 62 0 2058
Biso mean--118.56 --
残基数----271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6782907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2571173
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1064X-RAY DIFFRACTION9.757TORSIONAL
12B1064X-RAY DIFFRACTION9.757TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.5019-4.40950.33541100.270619912101
4.4095-28.93440.23171120.193321552267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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