PDB-6c3k: Apo crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c3k

タイトル

Apo crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) mutant (E183A, F241R)

要素

Penicillin-binding protein 4

キーワード

HYDROLASE / Penicillin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic analyses of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus.
著者: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2018年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c3k.cif.gz	430.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c3k.ent.gz	359.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tw4C 5tw8C 5tx9C 5txiC 5ty2C 5ty7C 6c39C 1tvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dz8-2 5tw8-1 3hun-2 3hun-1 6c39-1 5tw8-2 5tw4-1 3doi-3 5ty2-1 5txi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 4

B: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

82.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Penicillin-binding protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.868, 92.561, 79.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.300, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 4 分子量: 41050.332 Da / 分子数: 2 / 変異: E183A, F241R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: pbp4, SACOL0699 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0H2WY27
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 100 mM sodium fluoride, and 16% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→46.28 Å / Num. obs: 108799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.62 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.63	1.149	5427	0.441	0.756	1.381	99.8
8.76-46.28	0.022	686	0.998	0.014	0.026	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TVF

1tvf

解像度: 1.6→46.28 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	5499	5.07 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1773	108546	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.71 Å² / B_iso mean: 32.7827 Å² / B_iso min: 11.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→46.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5630	0	9	717	6356
B_iso mean	-	-	27.74	38.51	-
残基数	-	-	-	-	716

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2999	188	0.3067	3447	3635	100
1.6182-1.6372	0.3256	198	0.3033	3413	3611	100
1.6372-1.6572	0.3098	193	0.2958	3472	3665	100
1.6572-1.6782	0.2804	182	0.2723	3431	3613	100
1.6782-1.7003	0.2942	185	0.2652	3443	3628	100
1.7003-1.7235	0.2584	186	0.2598	3473	3659	100
1.7235-1.7482	0.2733	187	0.2382	3424	3611	100
1.7482-1.7743	0.2283	209	0.2244	3453	3662	100
1.7743-1.802	0.2768	172	0.2149	3420	3592	100
1.802-1.8315	0.2308	189	0.2053	3450	3639	100
1.8315-1.8631	0.2132	181	0.1973	3468	3649	100
1.8631-1.897	0.2947	187	0.2292	3401	3588	99
1.897-1.9335	0.4059	194	0.3592	3269	3463	95
1.9335-1.9729	0.2524	191	0.2116	3449	3640	100
1.9729-2.0158	0.2163	182	0.1788	3449	3631	100
2.0158-2.0627	0.2092	188	0.1785	3427	3615	100
2.0627-2.1143	0.2327	174	0.2113	3339	3513	97
2.1143-2.1715	0.1925	159	0.1594	3467	3626	100
2.1715-2.2354	0.2065	166	0.1663	3416	3582	99
2.2354-2.3075	0.2558	167	0.2174	3304	3471	94
2.3075-2.39	0.1732	185	0.1562	3465	3650	100
2.39-2.4857	0.1718	191	0.1484	3485	3676	100
2.4857-2.5988	0.2077	178	0.1511	3420	3598	100
2.5988-2.7358	0.2227	177	0.1616	3461	3638	99
2.7358-2.9072	0.2035	164	0.1573	3496	3660	100
2.9072-3.1316	0.1747	191	0.1573	3449	3640	100
3.1316-3.4467	0.1887	181	0.16	3454	3635	99
3.4467-3.9452	0.1525	175	0.1386	3464	3639	99
3.9452-4.9696	0.1376	195	0.1244	3441	3636	99
4.9696-46.2998	0.1829	184	0.163	3497	3681	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4348	-0.2423	-0.4724	1.6672	0.4342	1.3112	-0.0159	0.0119	-0.0487	0.0379	-0.0061	0.1789	-0.0059	-0.1334	0.0376	0.1024	-0.0039	-0.0218	0.1396	0.0011	0.1232	29.0986	-48.1113	41.0128
2	1.9547	1.5736	1.8607	6.0972	0.2007	1.9523	-0.011	-0.1914	-0.0513	0.0016	0.1347	0.0795	-0.0473	-0.0105	-0.159	0.1484	-0.0008	0.0206	0.2018	-0.0514	0.1425	31.5535	-69.9308	23.6774
3	0.8723	-0.1106	0.0185	1.8961	0.486	0.6849	-0.0047	0.1275	-0.101	-0.0041	-0.0074	0.1164	0.0634	-0.0562	-0.0006	0.1308	-0.0119	-0.0069	0.1413	-0.0257	0.135	30.6972	-57.108	34.4342
4	3.609	0.6091	-0.3102	2.2133	-0.7253	1.636	0.0293	0.3289	0.5607	-0.0664	-0.0474	-0.0906	-0.2057	0.1556	-0.0219	0.1782	0.0118	-0.0065	0.1636	0.0279	0.1981	39.1297	-30.1631	33.7972
5	2.7766	-2.9328	-0.0665	3.7488	-0.2402	5.9014	-0.0581	-0.5254	-0.2831	0.3587	0.2245	0.4947	0.191	-0.35	-0.134	0.2381	-0.0262	0.0474	0.157	-0.0073	0.183	28.1752	-39.9788	6.7085
6	0.4817	0.0635	-0.0602	1.5577	0.308	0.4756	-0.0512	-0.0459	-0.0375	0.1634	0.0544	-0.0742	0.148	-0.0232	0.0023	0.1741	0.0186	-0.0034	0.1544	0.0097	0.113	41.3995	-56.7085	-8.5324
7	2.3074	-0.0431	0.6418	3.6881	-0.2606	3.3912	-0.0465	-0.0878	-0.1876	-0.0302	0.0939	0.1172	0.4452	-0.1832	-0.0333	0.2201	-0.0192	0.0131	0.1389	-0.0065	0.1189	36.7787	-66.1543	-14.2334
8	1.7141	1.0972	0.1894	5.2116	0.6915	1.0248	-0.0107	-0.0982	-0.1051	0.5261	-0.0042	-0.2938	0.1998	0.0259	0.0305	0.2646	0.0404	-0.0494	0.1626	0.015	0.1223	45.8445	-63.1197	-0.3488
9	1.5192	-0.0063	0.3238	1.4819	0.7783	1.7616	0.0248	0.1004	-0.0086	0.1246	-0.0231	0.098	0.2146	-0.1618	-0.0109	0.1515	-0.0132	0.0029	0.132	0.0132	0.1102	33.3032	-50.5214	-10.6268
10	2.7694	0.6151	-0.2429	6.8111	-2.314	4.3397	0.0258	-0.1476	-0.0546	0.3727	-0.0225	0.319	0.2007	-0.1272	-0.009	0.1445	0.0026	0.0161	0.1088	-0.0257	0.085	32.1746	-46.0047	-2.3708
11	5.4772	2.4199	-1.1775	2.1426	-0.2914	1.0635	0.0801	0.1392	0.671	0.0544	0.0468	0.1564	-0.1169	0.053	-0.126	0.182	0.0311	-0.0182	0.161	0.0225	0.2184	43.8509	-26.4467	-6.0363
12	1.0533	1.5046	-0.7049	7.887	-1.781	4.8121	-0.0287	0.0597	-0.1557	-0.0139	-0.1414	-0.52	0.0989	0.3085	0.2637	0.0576	0.0186	-0.068	0.1774	-0.003	0.2152	52.5542	-30.9689	-3.7239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 90 )	A	25 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 154 )	A	91 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 296 )	A	155 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 383 )	A	297 - 383
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 25 through 56 )	B	25 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 57 through 111 )	B	57 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 112 through 154 )	B	112 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 155 through 204 )	B	155 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 205 through 266 )	B	205 - 266
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 267 through 296 )	B	267 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 297 through 364 )	B	297 - 364
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 365 through 383 )	B	365 - 383

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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