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- PDB-6c39: Apo crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c39
タイトルApo crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4)
要素Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / Penicillin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A ...Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 4 / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic analyses of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus.
著者: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
B: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,76211
ポリマ－82,1972
非ポリマー5659
水12,016667
1
A: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3485
ポリマ－41,0981
非ポリマー2504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4146
ポリマ－41,0981
非ポリマー3155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.358, 92.403, 79.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

ZN

21B-763-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase


分子量: 41098.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: HMPREF3211_00659 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL31 / 参照: UniProt: A0A133Q5K3, UniProt: A0A0H2WY27*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl(2-hydroxyethyl)ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→46.202 Å / Num. obs: 91624 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.69-1.723.10.97245180.5370.6441.1799.7
9.26-46.230.0355510.9970.0230.04294.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.89 Å46.2 Å
Translation5.89 Å46.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TVF

1tvf


解像度: 1.69→46.202 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 4604 5.03 %
Rwork0.1613 --
obs0.163 91580 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.57 Å2 / Biso mean: 30.6691 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→46.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5656 0 17 667 6340
Biso mean--45.81 37.84 -
残基数----718
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.69-1.70920.32961580.29442839299799
1.7092-1.72930.26841500.273929303080100
1.7293-1.75040.30261680.254528703038100
1.7504-1.77260.2781760.247828913067100
1.7726-1.79590.31211400.242829013041100
1.7959-1.82050.26511610.22928923053100
1.8205-1.84650.26421640.211329353099100
1.8465-1.87410.23111380.211828883026100
1.8741-1.90340.24621650.197729133078100
1.9034-1.93460.22481720.185628803052100
1.9346-1.96790.23461620.18229113073100
1.9679-2.00370.19751460.17529013047100
2.0037-2.04220.2261620.171128813043100
2.0422-2.08390.22471470.15929513098100
2.0839-2.12920.16751420.15429483090100
2.1292-2.17880.19021440.152129233067100
2.1788-2.23330.17241400.143529073047100
2.2333-2.29360.18071450.144229263071100
2.2936-2.36110.18261510.149829193070100
2.3611-2.43730.17281730.14742874304799
2.4373-2.52440.19451510.148729163067100
2.5244-2.62550.22691470.149829363083100
2.6255-2.7450.20411510.1512946309799
2.745-2.88970.17951310.14912898302999
2.8897-3.07070.19791640.15872888305299
3.0707-3.30770.21061450.1582874301998
3.3077-3.64050.18241470.14362865301297
3.6405-4.1670.12371610.13032860302197
4.167-5.24880.15251450.12742858300396
5.2488-46.21880.2091580.17382855301395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12490.355-0.27911.6512-0.31310.7925-0.0181-0.012-0.0208-0.04380.028-0.1068-0.01330.1118-0.00120.12470.0039-0.01640.15330.00170.13222.8076-47.1951-1.9389
21.5952-2.1792-0.1566.50220.33941.38890.00560.1721-0.0775-0.0032-0.0196-0.0187-0.055-0.1070.00510.12870.0022-0.01440.19110.02420.126521.6863-69.376716.5451
31.7495-1.20490.64175.5314-1.3512.43430.0228-0.0327-0.1725-0.24010.05490.33360.2055-0.0107-0.07790.1399-0.0239-0.02030.13840.02330.163213.6282-65.86332.6329
40.73970.0920.36571.7256-0.79241.34860.0083-0.1214-0.06740.09-0.0358-0.17160.06080.13410.02860.12420.0042-0.01150.14980.01560.142225.7219-51.27397.0484
53.8027-0.9841-0.38222.43180.77891.7293-0.0255-0.32310.51550.0736-0.01320.1316-0.2655-0.1795-0.01910.1888-0.0009-0.00690.1598-0.01450.180412.589-29.09965.4227
63.3332.7186-0.33182.5340.22664.1911-0.1070.468-0.2138-0.47160.2013-0.35230.10740.2272-0.0970.28480.0150.03410.13880.02040.174536.408-39.0217-45.8267
70.2931-0.0898-0.11691.1653-0.06280.4182-0.05510.0201-0.0084-0.10250.05330.0880.1476-0.026-0.00330.2171-0.0238-0.01230.1846-0.0030.156423.2075-55.7566-30.5641
82.3161-0.34280.2373.50540.3023.4183-0.05050.0502-0.09920.02120.0633-0.03510.38920.1148-0.00990.2185-0.0011-0.00090.12320.00820.113827.8432-65.2196-24.8969
91.7492-1.11930.49895.9661-1.16231.0307-0.03240.1116-0.0429-0.5320.05370.20050.21960.0113-0.02150.2994-0.0636-0.05730.1672-0.00380.137218.8202-62.2109-38.7794
101.8036-0.31390.5591.4703-0.94281.58490.0532-0.1163-0.0624-0.1732-0.0176-0.03130.22280.079-0.02620.1608-0.00570.00280.1192-0.00860.103831.2792-49.6229-28.4288
112.30010.09570.35396.23281.1712.94270.06640.1898-0.1374-0.5919-0.0981-0.34570.16690.0455-0.01180.2001-0.00150.02130.12130.03680.102632.9971-45.9905-37.8342
126.1132-4.1764-2.50334.8112.05031.87680.1547-0.13210.3211-0.1298-0.03730.0188-0.1317-0.0499-0.11170.1896-0.02860.00050.1525-0.01110.148324.1474-27.8206-32.3931
136.5658-1.9663-0.78253.0674-0.37345.91880.0683-0.03230.5865-0.0272-0.0362-0.0911-0.2336-0.2277-0.0530.1416-0.0135-0.0210.1084-0.02350.236915.607-21.9022-33.4873
141.9479-1.2461-1.17978.02221.79735.93460.0654-0.0954-0.06480.0309-0.17750.50450.1046-0.36510.29810.0631-0.0198-0.07340.19410.01010.257312.1046-29.8242-35.1514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 90 )A25 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 137 )A91 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 204 )A138 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 205 through 296 )A205 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 297 through 383 )A297 - 383
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 56 )B25 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 57 through 111 )B57 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 154 )B112 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 155 through 204 )B155 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 205 through 266 )B205 - 266
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 267 through 296 )B267 - 296
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 297 through 335 )B297 - 335
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 336 through 364 )B336 - 364
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 383 )B365 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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