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- PDB-6c2m: Crystal structure of HCV NS3/4A protease variant Y56H in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c2m
タイトルCrystal structure of HCV NS3/4A protease variant Y56H in complex with MK-5172
要素NS3 protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / NS3/4a Protease / Hepatitis C virus / Drug Resistance / protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / serine-type peptidase activity / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SUE / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.859 Å
データ登録者Matthew, A.N. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI085051 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31 GM119345 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clinical signature variant of HCV NS3/4A protease uses a novel mechanism to confer resistance
著者: Matthew, A.N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease
B: NS3 protease
C: NS3 protease
D: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,84413
ポリマ－83,4194
非ポリマー3,4259
水3,765209
1
A: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6873
ポリマ－20,8551
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6873
ポリマ－20,8551
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7834
ポリマ－20,8551
非ポリマー9283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6873
ポリマ－20,8551
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.635, 103.326, 73.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NS3 protease


分子量: 20854.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1KIK8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SUE / (1aR,5S,8S,10R,22aR)-5-tert-butyl-N-{(1R,2S)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethenylcyclopropyl}-14-methoxy-3,6-di oxo-1,1a,3,4,5,6,9,10,18,19,20,21,22,22a-tetradecahydro-8H-7,10-methanocyclopropa[18,19][1,10,3,6]dioxadiazacyclononadec ino[11,12-b]quinoxaline-8-carboxamide / Grazoprevir, MK-5172 / グラゾプレビル


分子量: 766.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H50N6O9S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES BUFFER PH 6.5, 4% (W/V) AMMONIUM SULFATE, 20-26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.859→35.725 Å / Num. obs: 63506 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.859→1.906 Å / Rsym value: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000703xデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.8モデル構築
HKL-3000データ収集
HKL-3000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VOJ

5voj


解像度: 1.859→35.725 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 19.45 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1983 3.28 %
Rwork0.1805 --
obs0.1842 63486 95.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.859→35.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 225 211 5818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8887892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.63322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8595-1.9060.25871400.24444277X-RAY DIFFRACTION91
1.906-1.95750.24561430.23294456X-RAY DIFFRACTION94
1.9575-2.0150.24761400.22314417X-RAY DIFFRACTION94
2.015-2.080.25781440.22064407X-RAY DIFFRACTION94
2.08-2.15430.25031360.21854438X-RAY DIFFRACTION94
2.1543-2.24040.24871410.21464449X-RAY DIFFRACTION94
2.2404-2.34230.25581360.2114426X-RAY DIFFRACTION94
2.3423-2.46560.26431520.2084429X-RAY DIFFRACTION93
2.4656-2.61980.23581390.2134354X-RAY DIFFRACTION93
2.6198-2.82170.22981410.19694392X-RAY DIFFRACTION92
2.8217-3.10490.23261480.18334383X-RAY DIFFRACTION92
3.1049-3.55240.2381430.16364371X-RAY DIFFRACTION92
3.5524-4.4690.18521380.13234299X-RAY DIFFRACTION91
4.469-21.45140.20041420.15794366X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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