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- PDB-1nrz: Crystal structure of the IIBSor domain of the sorbose permease fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nrz
タイトルCrystal structure of the IIBSor domain of the sorbose permease from Klebsiella pneumoniae solved to 1.75A resolution
要素PTS system, sorbose-specific IIB component
キーワードTRANSFERASE / BETA SHEET CORE / FLANKING HELICES / RIGHT HANDED BETA-ALPHA-BETA CROSSOVER
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-L-sorbose phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-sorbose phosphotransferase system transporter activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system sorbose-specific EIIB component
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Orriss, G.L. / Erni, B. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the IIBSor domain of the sorbose permease from Klebsiella pneumoniae solved to 1.75A resolution
著者: Orriss, G.L. / Erni, B. / Schirmer, T.
履歴
登録2003年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS system, sorbose-specific IIB component
B: PTS system, sorbose-specific IIB component
C: PTS system, sorbose-specific IIB component
D: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2978
ポリマ－73,9134
非ポリマー3844
水8,431468
1
A: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6703
ポリマ－18,4781
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PTS system, sorbose-specific IIB component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4781
ポリマ－18,4781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5742
ポリマ－18,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5742
ポリマ－18,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
A: PTS system, sorbose-specific IIB component
B: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1494
ポリマ－36,9572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
6
C: PTS system, sorbose-specific IIB component
D: PTS system, sorbose-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1494
ポリマ－36,9572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.848, 85.311, 67.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological monomer, but there are four copies in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
PTS system, sorbose-specific IIB component / EIIB-SOR / Sorbose-permease IIB component / Phosphotransferase enzyme II / B component / EIII-B-SOR


分子量: 18478.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: SORB / プラスミド: pMSFBAM470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WA2127deltaG
参照: UniProt: P37081, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19-25% PEG 8000, 0.2M ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114-19 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium sulfate1reservoir
321 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→21.38 Å / Num. all: 72155 / Num. obs: 72155 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 15789 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 68518

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BLE cut down to common atoms

1ble


解像度: 1.75→21.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.105 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24268 3637 5 %RANDOM
Rwork0.21593 ---
obs0.21731 68518 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20 Å20.83 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→21.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 20 468 5636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9517032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.722311204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9963648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6415943
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.31104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.34599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.5365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0870.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3620.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3640.524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.53254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92825292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64831914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7694.51740
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 269
Rwork0.266 5022
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.707-0.42410.12361.6493-0.22760.7765-0.0374-0.010.0556-0.0103-0.0144-0.003-0.0841-0.06120.05180.0232-0.0026-0.03240.0762-0.01340.0499-5.2950.5227.472
20.65-0.1686-0.05811.69580.38070.86580.00240.01180.0084-0.03480.0226-0.1517-0.02290.0966-0.0250.01050.0057-0.02860.07850.01250.08822.648-6.37927.555
31.72220.5465-0.86692.26630.23052.1182-0.02180.10740.02950.02880.0540.054-0.004-0.0211-0.03220.1790.0397-0.00160.11580.01090.0597-12.8139.11460.358
42.025-0.6621-1.70141.50880.78934.3810.0465-0.3768-0.09330.03-0.0806-0.09620.03290.31570.03410.1326-0.0604-0.03830.21880.03980.08515.2740.40960.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1641 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1641 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1641 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 1641 - 163
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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