PDB-6wzx: GID4 in complex with IGLWKS peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzx

タイトル

GID4 in complex with IGLWKS peptide

要素

Glucose-induced degradation protein 4 homolog
ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol / Glucose-induced degradation protein 4 homolog

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Dong, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Recognition of nonproline N-terminal residues by the Pro/N-degron pathway.
著者: Dong, C. / Chen, S.J. / Melnykov, A. / Weirich, S. / Sun, K. / Jeltsch, A. / Varshavsky, A. / Min, J.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wzx.cif.gz	244 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wzx.ent.gz	193.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wzx_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wzx_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	6wzx_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6wzx_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wzzC 6ccrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cd8-1 3suf-4 5jgq-2 5jgq-1 5ccj-2 6cdg-d 6cdc-d 5jgi-1 5ibo-1 1cm4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

C: ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide

D: ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide

40.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

C: ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog

D: ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.122, 51.190, 55.447
Angle α, β, γ (deg.)	68.228, 89.119, 69.079
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glucose-induced degradation protein 4 homolog / Vacuolar import and degradation protein 24 homolog 分子量: 19604.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GID4, C17orf39, VID24 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -V3R / 参照: UniProt: Q8IVV7
#2: タンパク質・ペプチド	ILE-GLY-LEU-TRP-LYS peptide 分子量: 703.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→51.02 Å / Num. obs: 40219 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 81854 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.67-1.7	1.8	0.713	3638	1972	0.588	0.649	0.967	0.9	88.5
8.99-51.02	2.1	0.024	583	276	0.998	0.021	0.032	36.1	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CCR

6ccr

解像度: 1.75→51.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.557 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	1737	4.95 %
R_work	0.1926	33356	-
all	0.194	-	-
obs	-	35093	91.722 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.583 Å²	-0.548 Å²	-0.604 Å²
2-	-	-0.191 Å²	0.065 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→51.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2725	0	16	56	2797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.638	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	1.576	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.948	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.911	22.549	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.441	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.8	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.05	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.323	2.149	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.322	2.15	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.036	3.214	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.036	3.214	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.544	2.268	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.544	2.269	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.417	3.351	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.416	3.352	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.205	23.887	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.194	23.808	3108

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.341	117	0.306	2484	0.308	2825	0.764	0.764	92.0708	0.29
1.795-1.845	0.318	121	0.293	2406	0.294	2750	0.804	0.812	91.8909	0.269
1.845-1.898	0.266	130	0.256	2344	0.256	2688	0.876	0.875	92.0387	0.226
1.898-1.956	0.278	102	0.231	2271	0.233	2590	0.888	0.907	91.6216	0.202
1.956-2.02	0.258	99	0.201	2183	0.204	2537	0.905	0.927	89.9488	0.177
2.02-2.091	0.241	114	0.198	2063	0.2	2429	0.915	0.929	89.6254	0.175
2.091-2.17	0.259	117	0.206	2079	0.208	2343	0.901	0.927	93.726	0.188
2.17-2.258	0.214	114	0.2	1989	0.201	2259	0.938	0.935	93.0943	0.184
2.258-2.359	0.226	99	0.195	1952	0.196	2213	0.929	0.942	92.6796	0.181
2.359-2.473	0.272	98	0.196	1799	0.2	2047	0.907	0.933	92.6722	0.185
2.473-2.607	0.252	82	0.194	1697	0.197	2003	0.926	0.939	88.8168	0.188
2.607-2.765	0.234	88	0.197	1603	0.199	1860	0.936	0.941	90.914	0.193
2.765-2.955	0.203	86	0.192	1545	0.192	1738	0.943	0.945	93.8435	0.194
2.955-3.191	0.217	77	0.196	1444	0.197	1640	0.93	0.934	92.7439	0.207
3.191-3.494	0.24	64	0.191	1301	0.194	1506	0.932	0.943	90.6375	0.205
3.494-3.904	0.2	59	0.177	1121	0.178	1369	0.949	0.956	86.1943	0.198
3.904-4.503	0.176	71	0.142	1066	0.144	1197	0.96	0.97	94.9875	0.17
4.503-5.505	0.178	40	0.15	936	0.152	1027	0.964	0.971	95.0341	0.187
5.505-7.74	0.255	40	0.212	651	0.214	784	0.937	0.95	88.1378	0.268
7.74-51.005	0.268	19	0.243	409	0.244	439	0.946	0.946	97.4943	0.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0782	0.5392	0.5829	2.8366	-0.1697	2.8196	0.033	-0.2564	0.0313	0.201	-0.1764	-0.205	-0.0784	0.0382	0.1433	0.1108	-0.0469	-0.1145	0.0412	0.0444	0.1207	-22.8064	-10.1731	14.6152
2	2.9972	0.1249	0.1046	3.2569	0.0587	2.3529	-0.048	0.0338	0.068	-0.3473	0.0368	0.0941	-0.0251	-0.0498	0.0112	0.1062	-0.0312	-0.0776	0.014	0.0264	0.0711	-2.896	-29.5687	0.2264
3	0.5671	-0.0301	-1.0526	0.1147	0.1285	2.0265	0.2346	-0.052	0.1106	0.1126	-0.0742	-0.0466	-0.316	0.0929	-0.1604	0.2893	-0.0078	-0.0326	0.2985	0.0403	0.2637	-16.0019	-2.9487	24.7877
4	8.5212	0.161	-0.6501	2.4947	-0.1851	0.6801	-0.1016	0.338	-0.0769	-0.1945	0.1872	-0.2944	0.0118	0.1055	-0.0857	0.1816	-0.0269	0.029	0.1672	-0.0237	0.1202	5.8308	-36.7369	-10.7267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	125 - 289
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	125 - 289
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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