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- PDB-5esb: Crystal structure of a genotype 1a/3a chimeric HCV NS3/4A proteas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esb
タイトルCrystal structure of a genotype 1a/3a chimeric HCV NS3/4A protease in complex with Vaniprevir
要素NS3 protease
キーワードhYDROLASE/hYDROLASE iNHIBITOR / Vaniprevir / drug resistance / HCV protease inhibitor / Genotype 3 / HYDROLASE / hYDROLASE-hYDROLASE iNHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / serine-type peptidase activity / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SU3 / NS3 protease / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Soumana, D. / Yilmaz, N.K. / Ali, A. / Prachanronarong, K.L. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI085051 米国
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Molecular and Dynamic Mechanism Underlying Drug Resistance in Genotype 3 Hepatitis C NS3/4A Protease.
著者: Soumana, D.I. / Kurt Yilmaz, N. / Ali, A. / Prachanronarong, K.L. / Schiffer, C.A.
#1: ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of drug resistance against hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitors.
著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4325
ポリマ－20,4161
非ポリマー1,0154
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.119, 58.403, 60.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NS3 protease


分子量: 20416.066 Da / 分子数: 1 / 変異: R123T, I132L, D168Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / プラスミド: pET28-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: C1KIK8, UniProt: A0A0B4WYC6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SU3 / (5R,7S,10S)-10-tert-butyl-N-{(1R,2R)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethylcyclopropyl}-15,15-dimethyl-3,9,12-trioxo-6,7,9,10,11,12,14,15,16,17,18,19-dodecahydro-1H,5H-2,23:5,8-dimethano-4,13,2,8,11-benzodioxatriazacyclohenicosine-7(3H)-carboxamide / vaniprevir / MK-7009


分子量: 757.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H55N5O9S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES buffer pH 6.5, 4% (w/v) ammonium sulfate, 20-26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.3 Å / Num. obs: 7436 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
2.4-2.464.40.1391097
10.73-33.33.80.0331083.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.28 Å33.33 Å
Translation2.28 Å33.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3m5m

3m5m


解像度: 2.4→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.2201 / WRfactor Rwork: 0.1758 / FOM work R set: 0.8655 / SU B: 9.79 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.3724 / SU Rfree: 0.2383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 744 10.1 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1871 6559 91.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.4 Å2 / Biso mean: 21.417 Å2 / Biso min: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 0 64 70 1514
Biso mean--22.67 25.48 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6062.0112077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27733285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5575197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34223.12548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44915224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5961510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2890.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8171.629794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8091.624790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4552.434989
LS精密化 シェル解像度: 2.211→2.268 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 61 -
Rwork0.188 576 -
all-637 -
obs--86.43 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.234 Å / Origin y: -7.1249 Å / Origin z: -21.6858 Å
111213212223313233
T0.0605 Å2-0.0046 Å20.0076 Å2-0.0418 Å2-0.003 Å2--0.0552 Å2
L0.3345 °2-0.2098 °2-0.2163 °2-0.3017 °20.0855 °2--0.1576 °2
S0.0141 Å °0.0156 Å °0.0091 Å °0.0133 Å °0.001 Å °0.0206 Å °-0.012 Å °-0.003 Å °-0.0151 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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