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万見
- PDB-6c27: SAM-III riboswitch ON-state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c27
タイトルSAM-III riboswitch ON-state
要素SAM-III riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / regulation
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.601 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Price, I.R. / Ke, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-086766 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evidence for two-tiered conformation selection in the SAM-III riboswitch
著者: Price, I.R. / Grigg, J.C. / Martell, D.J. / Ding, F. / Peng, C. / Ke, A.
履歴
登録2018年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-III riboswitch
B: SAM-III riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,99710
ポリマ－30,7082
非ポリマー1,2898
水00
1
A: SAM-III riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9995
ポリマ－15,3541
非ポリマー6444
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SAM-III riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9995
ポリマ－15,3541
非ポリマー6444
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.011, 96.791, 168.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GTP / Beg label comp-ID: GTP / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth seq-ID: 1 - 47 / Label seq-ID: 1 - 47

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: RNA鎖 SAM-III riboswitch


分子量: 15354.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription from a modified pUC19 vector with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM MgCl2, 50 mM sodium cacodylate pH 7.0, 1 mM hexamine cobalt chloride, 2 mM spermine, and 12-16 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 6980 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 122.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3.6-3.664.60.4492540.592173.8
3.66-3.734.70.3352750.615176.2
3.73-3.85.40.2142800.604176.9
3.8-3.885.60.1973100.637185.9
3.88-3.965.80.1953160.659189.3
3.96-4.055.90.2523660.597195.8
4.05-4.166.30.3023510.574199.2
4.16-4.276.60.2493570.643199.2
4.27-4.396.60.2433730.6461100
4.39-4.546.80.1923560.6831100
4.54-4.76.70.1433830.7251100
4.7-4.896.80.1153440.781100
4.89-5.116.80.1073850.8311100
5.11-5.386.70.0923601.0441100
5.38-5.716.60.0853721.3321100
5.71-6.156.50.0843801.558199.7
6.15-6.776.30.0683731.8611100
6.77-7.756.10.0463711.8191100
7.75-9.7560.0353861.8251100
9.75-505.70.0253881.646192.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.601→37.005 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 318 4.68 %
Rwork0.2103 --
obs0.2117 6800 93.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 431.26 Å2 / Biso mean: 180.3013 Å2 / Biso min: 83.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.601→37.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2036 56 0 2092
Biso mean--197.51 --
残基数----94
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3793666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.015468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9291126
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A874X-RAY DIFFRACTION0.317TORSIONAL
12B874X-RAY DIFFRACTION0.317TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6005-3.660.33461430.30612974311787
4.535-37.00740.2231750.18813508368399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6161.58310.01910.99190.13480.1653-0.71023.09052.3015-0.96330.94321.24071.30951.9655-0.01281.5874-0.4379-0.17032.62670.16811.2731-11.2082-11.852-34.1717
20.527-0.1865-0.29670.15160.48820.5928-0.0208-0.3661-0.0891.0884-0.50320.9846-2.04780.7183-0.00051.6776-0.1373-0.10421.1068-0.05221.6162-3.48088.3761-31.7161
3-0.61170.1240.0985-0.26380.4231-0.4127-0.51070.00680.1184-0.1159-0.10380.2414-0.77720.0816-01.50970.02470.01380.9872-0.20491.2706-1.83657.4738-16.8439
40.0302-0.11250.09071.0424-0.21331.4009-0.14860.19760.78892.09180.26180.99220.76160.0421-0.54151.1869-0.69370.36471.17220.06281.6256-13.3741-17.6317-31.8322
50.6348-0.1549-0.34790.0831-0.62750.6732-0.3171-0.48350.67561.32321.0245-1.7137-0.78990.42840.05641.40630.529-0.09561.69960.18161.589620.4231-4.936931.7802
60.25790.048-0.04110.04980.30530.36740.45410.52851.7476-0.38550.9096-0.8104-2.74140.10610.01991.39370.161-0.21661.72270.00651.836212.492216.36729.3279
7-1.11080.28121.46821.26790.6298-0.7003-0.27580.04120.2131-0.5550.2777-0.70760.4197-0.08230.00021.15920.25590.09651.54070.02931.354914.3912.744419.1324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 8 )A2 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 17 )A9 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 39 )A18 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 47 )A40 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 10 )B2 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 19 )B11 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 47 )B20 - 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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