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- PDB-6bxm: Crystal structure of Candidatus Methanoperedens nitroreducens Dph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxm
タイトルCrystal structure of Candidatus Methanoperedens nitroreducens Dph2 with 4Fe-4S cluster and SAM/cleaved SAM
要素Diphthamide biosynthesis enzyme Dph2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DIPHTHAMIDE BIOSYNTHESIS / RADICAL SAM ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. ...Fenwick, M.K. / Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. / Lin, H. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Organometallic and radical intermediates reveal mechanism of diphthamide biosynthesis.
著者: Dong, M. / Kathiresan, V. / Fenwick, M.K. / Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Caranto, J.D. / Dzikovski, B. / Sharma, A. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Ealick, S.E. / Hoffman, B.M. / Lin, H.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphthamide biosynthesis enzyme Dph2
B: Diphthamide biosynthesis enzyme Dph2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4217
ポリマ－72,9192
非ポリマー1,5025
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.887, 64.080, 158.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diphthamide biosynthesis enzyme Dph2


分子量: 36459.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
遺伝子: ANME2D_01646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A062UZ78

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非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-ABA / ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#5: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 65 mM HEPES, pH 6.5-7.0, and 18-25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 30482 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 138805
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.334.30.57930160.7970.3150.6620.86599.5
2.33-2.424.50.48429680.8390.2520.5470.85199.7
2.42-2.534.60.38230210.9060.1990.4330.86999.9
2.53-2.674.40.29130100.9330.1530.330.999.7
2.67-2.834.80.22930210.9610.1160.2580.92399.7
2.83-3.054.70.16530060.9740.0850.1870.95299.7
3.05-3.364.50.10830500.9880.0570.1221.09599.6
3.36-3.854.80.07230490.9940.0360.0811.20199.4
3.85-4.854.50.04630910.9970.0240.0521.1999.7
4.85-504.40.03732500.9990.0190.0421.21699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LZC

3lzc


解像度: 2.252→49.812 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1527 5.02 %
Rwork0.1748 --
obs0.1775 30423 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→49.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4750 0 70 200 5020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9296757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7722997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2521-2.32480.27991120.21852534X-RAY DIFFRACTION96
2.3248-2.40790.27951360.20132604X-RAY DIFFRACTION100
2.4079-2.50430.29171370.19262586X-RAY DIFFRACTION100
2.5043-2.61830.25041480.19042593X-RAY DIFFRACTION100
2.6183-2.75630.23741320.18912593X-RAY DIFFRACTION100
2.7563-2.9290.2341260.19192642X-RAY DIFFRACTION100
2.929-3.15510.26311290.19612616X-RAY DIFFRACTION100
3.1551-3.47250.24721420.1822641X-RAY DIFFRACTION100
3.4725-3.97480.20421560.16342620X-RAY DIFFRACTION99
3.9748-5.00710.1941450.14242685X-RAY DIFFRACTION100
5.0071-49.82460.20471640.16562782X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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