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- PDB-6bxl: Crystal structure of Pyrococcus horikoshii Dph2 with 4Fe-4S clust... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bxl | ||||||
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Title | Crystal structure of Pyrococcus horikoshii Dph2 with 4Fe-4S cluster and SAM | ||||||
![]() | 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / DIPHTHAMIDE BIOSYNTHESIS / RADICAL SAM ENZYME | ||||||
Function / homology | ![]() S-adenosylmethionine catabolic process / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torelli, A.T. / Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. ...Torelli, A.T. / Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Dong, M. / Kathiresan, V. / Carantoa, J.D. / Dzikovski, B. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Hoffman, B.M. / Lin, H. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Organometallic and radical intermediates reveal mechanism of diphthamide biosynthesis. Authors: Dong, M. / Kathiresan, V. / Fenwick, M.K. / Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Caranto, J.D. / Dzikovski, B. / Sharma, A. / Lancaster, K.M. / Freed, J.H. / Ealick, S.E. / Hoffman, B.M. / Lin, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 230.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 35.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bxkC ![]() 6bxmC ![]() 6bxnC ![]() 6bxoC ![]() 3lzcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 42538.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: dph2, PH1105 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O58832, 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 31-35% (v/v) PEG 400, either 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.5 or MES buffer pH 6.5, 0.2 M Li2SO4 and 2% (v/v) ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 33136 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 46.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 11.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LZC Resolution: 2.301→46.544 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.301→46.544 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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