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万見
- PDB-6bx8: Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bx8
タイトルHuman Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C)
要素
  • Tissue factor pathway inhibitor
  • Trypsin-3
キーワードHYDROLASE / Hydrolase Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / negative regulation of blood coagulation / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / endothelial cell migration ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / negative regulation of blood coagulation / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / endothelial cell migration / trypsin / side of membrane / digestion / serine-type peptidase activity / caveola / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / tertiary granule lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...Tissue factor pathway inhibitor-like / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tissue factor pathway inhibitor / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Coban, M. / Sankaran, B. / Cohen, I. / Hockla, A. / Papo, N. / Radisky, E.S.
資金援助 米国, イスラエル, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01CA154387 米国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)BSF2015134 イスラエル
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Disulfide engineering of human Kunitz-type serine protease inhibitors enhances proteolytic stability and target affinity toward mesotrypsin.
著者: Cohen, I. / Coban, M. / Shahar, A. / Sankaran, B. / Hockla, A. / Lacham, S. / Caulfield, T.R. / Radisky, E.S. / Papo, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2008
タイトル: Model preparation in MOLREP and examples of model improvement using X-ray data.
著者: Lebedev, A.A. / Vagin, A.A. / Murshudov, G.N.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 1997
タイトル: Refinement of macromolecular structures by the maximum-likelihood method.
著者: Murshudov, G.N. / Vagin, A.A. / Dodson, E.J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Coot: model-building tools for molecular graphics.
著者: Paul Emsley / Kevin Cowtan /
要旨: CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality ...CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality graphics. The map-fitting tools are available as a stand-alone package, distributed as 'Coot'.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography.
著者: Chen, V.B. / Arendall, W.B. / Headd, J.J. / Keedy, D.A. / Immormino, R.M. / Kapral, G.J. / Murray, L.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-3
B: Tissue factor pathway inhibitor
C: Trypsin-3
D: Tissue factor pathway inhibitor
E: Trypsin-3
F: Tissue factor pathway inhibitor
G: Trypsin-3
H: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,14112
ポリマ－135,7578
非ポリマー3844
水14,790821
1
A: Trypsin-3
B: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0353
ポリマ－33,9392
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
2
C: Trypsin-3
D: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0353
ポリマ－33,9392
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
3
E: Trypsin-3
F: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0353
ポリマ－33,9392
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
4
G: Trypsin-3
H: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0353
ポリマ－33,9392
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.137, 87.199, 90.840
Angle α, β, γ (deg.)94.810, 93.030, 92.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Trypsin-3 / Brain trypsinogen / Mesotrypsinogen / Serine protease 3 / Serine protease 4 / Trypsin III / Trypsin IV


分子量: 24257.457 Da / 分子数: 4 / 変異: S257A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS3, PRSS4, TRY3, TRY4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35030, trypsin
#2: タンパク質
Tissue factor pathway inhibitor / TFPI / Extrinsic pathway inhibitor / EPI / Lipoprotein-associated coagulation inhibitor / LACI


分子量: 9681.825 Da / 分子数: 4 / 変異: K64R, M66C, I83C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFPI, LACI, TFPI1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P10646
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: LN2
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→60.0901 Å / Num. obs: 70450 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 19.36 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7014 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.249 / Rrim(I) all: 0.352 / % possible all: 93.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.58
最高解像度最低解像度
Rotation60.06 Å1.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREP11.5.05位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALS1.2.2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P95, 4BQD

3p95

4bqd


解像度: 1.98→60.062 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 3375 4.86 %RANDOM
Rwork0.1922 66081 --
obs0.1936 69456 93.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.38 Å2 / Biso mean: 30.0686 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→60.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8217 0 20 821 9058
Biso mean--50.53 41.1 -
残基数----1113
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.00830.28551390.26962720285993
2.0083-2.03830.26211430.24982813295694
2.0383-2.07010.33351250.37392627275287
2.0701-2.10410.28571160.29052599271589
2.1041-2.14030.23181420.20592748289094
2.1403-2.17930.23551390.20262838297793
2.1793-2.22120.24881170.26232621273888
2.2212-2.26650.46741180.45092280239878
2.2665-2.31580.22941540.21322741289592
2.3158-2.36970.22971500.18182775292595
2.3697-2.42890.20181550.16922739289494
2.4289-2.49460.20111240.16622764288892
2.4946-2.5680.19991450.16682748289393
2.568-2.65090.24021510.17082812296395
2.6509-2.74570.19841670.16842794296194
2.7457-2.85560.20671530.16212796294996
2.8556-2.98560.20911660.16642857302396
2.9856-3.14290.2011610.15562767292895
3.1429-3.33980.18361470.15712777292494
3.3398-3.59770.21721130.16732844295795
3.5977-3.95970.2053980.16642880297895
3.9597-4.53250.1791790.14152837301698
4.5325-5.70980.18611390.16842860299996
5.7098-60.09010.23711340.2232844297896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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