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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bx3 | ||||||
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タイトル | Structure of histone H3k4 methyltransferase | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/Transferase / Histone H3K4 Methyltransferase / GENE REGULATION-Transferase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / PKMTs methylate histone lysines / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / Set1C/COMPASS complex / RMTs methylate histone arginines / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance ...regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / PKMTs methylate histone lysines / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / Set1C/COMPASS complex / RMTs methylate histone arginines / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance / chromosome / histone binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Skiniotis, G. / Qu, Q.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structure and Conformational Dynamics of a COMPASS Histone H3K4 Methyltransferase Complex. 著者: Qianhui Qu / Yoh-Hei Takahashi / Yidai Yang / Hongli Hu / Yan Zhang / Joseph S Brunzelle / Jean-Francois Couture / Ali Shilatifard / Georgios Skiniotis / 要旨: The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity ...The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity of the catalytic SET domain (su(var)3-9, enhancer-of-zeste, and trithorax) is endowed through forming a complex with a set of core proteins that are widely shared from yeast to humans. We obtained cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps of the yeast Set1/COMPASS core complex at overall 4.0- to 4.4-Å resolution, providing insights into its structural organization and conformational dynamics. The Cps50 C-terminal tail weaves within the complex to provide a central scaffold for assembly. The SET domain, snugly positioned at the junction of the Y-shaped complex, is extensively contacted by Cps60 (Bre2), Cps50 (Swd1), and Cps30 (Swd3). The mobile SET-I motif of the SET domain is engaged by Cps30, explaining its key role in COMPASS catalytic activity toward higher H3K4 methylation states. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bx3.cif.gz | 259.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bx3.ent.gz | 196.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bx3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bx3_validation.pdf.gz | 1002.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bx3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6bx3_validation.xml.gz | 52.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bx3_validation.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bx3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#1: タンパク質 | 分子量: 32162.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: SET1, SCY_2511 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A6ZT27, histone-lysine N-methyltransferase |
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-COMPASS component ... , 5種, 6分子 KMNFBA
#2: タンパク質 | 分子量: 48306.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BRE2, CPS60, YLR015W 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43132 | ||||||
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4810.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SDC1, CPS25, SAF19, YDR469W 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q03323 #4: タンパク質 | | 分子量: 28189.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPP1, CPS40, SAF41, YPL138C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q03012 #5: タンパク質 | | 分子量: 47047.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWD1, CPS50, SAF49, YAR003W, FUN16 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P39706 #6: タンパク質 | | 分子量: 34655.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWD3, CPS30, SAF35, YBR175W, YBR1237 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P38123 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 50000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 163539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163539 / 対称性のタイプ: POINT |