PDB-6bvh: Trypsin complexed with a modified sunflower trypsin inhibitor, SF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bvh

タイトル

Trypsin complexed with a modified sunflower trypsin inhibitor, SFTI-TCTR(N12,N14)

要素

Cationic trypsin
Trypsin inhibitor 1

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Protease inhibitor complex / sunflower trypsin inhibitor / sfti / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Helianthus annuus (ヒグルマ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.927 Å

データ登録者

Riley, B.T. / Chen, X.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Potent, multi-target serine protease inhibition achieved by a simplified beta-sheet motif.
著者: Chen, X. / Riley, B.T. / de Veer, S.J. / Hoke, D.E. / Van Haeften, J. / Leahy, D. / Swedberg, J.E. / Brattsand, M. / Hartfield, P.J. / Buckle, A.M. / Harris, J.M.

履歴

登録	2017年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bvh.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bvh.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bvh_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bvh_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	6bvh_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6bvh_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/6bvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/6bvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uqv-d 3t27-d 1o3a-d 6dzf-d 1v2r-d 6xyk-d 1az8-d 3rxg-d 3m35-d 3ljo-d 1mts-d 1ppc-d 1bjv-d 1v2n-d 1g3e-d 1tnk-d 5xw8-d 1ce5-d 6t0p-d 1g36-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

I: Trypsin inhibitor 1

ヘテロ分子

25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.680, 63.240, 69.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド	Trypsin inhibitor 1 分子量: 1473.697 Da / 分子数: 1 Mutation: R2T, K4R, F12N, D14N compared to UNP Q4GWU5, residues 40-53 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cyclic peptide / 由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: UniProt: Q4GWU5*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 368分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES, 50 mM benzamidine, 1mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen vapor stream
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.927→63.24 Å / Num. obs: 20647 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.74 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 1.93→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Num. unique obs: 1331 / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.075 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	7.2.0	データ削減
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHENIX	1.13rc1	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

解像度: 1.927→34.66 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 14.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1582	1112	5.41 %
R_work	0.1319	-	-
obs	0.1334	20647	97.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.56 Å² / B_iso mean: 18.451 Å² / B_iso min: 4.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.927→34.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1729	0	40	360	2129
B_iso mean	-	-	38.66	33.1	-
残基数	-	-	-	-	237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.927-1.9718	0.149	120	0.1323	2412	2532	95
1.9718-2.0211	0.1454	112	0.1232	2388	2500	96
2.0211-2.0758	0.1783	150	0.119	2411	2561	96
2.0758-2.1368	0.1507	146	0.1197	2407	2553	97
2.1368-2.2058	0.1484	136	0.1223	2421	2557	97
2.2058-2.2846	0.1861	124	0.1289	2463	2587	97
2.2846-2.3761	0.1487	130	0.1264	2435	2565	98
2.3761-2.4842	0.1756	147	0.1286	2440	2587	98
2.4842-2.6151	0.1667	164	0.1334	2432	2596	98
2.6151-2.7789	0.1612	155	0.1468	2437	2592	99
2.7789-2.9934	0.1734	123	0.1415	2482	2605	99
2.9934-3.2944	0.1622	136	0.1278	2512	2648	99
3.2944-3.7706	0.1381	152	0.1205	2446	2598	100
3.7706-4.7486	0.1277	139	0.114	2494	2633	100
4.7486-34.6656	0.1894	161	0.1808	2478	2639	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3534	-0.0536	0.4247	1.9188	-0.2165	1.4546	-0.0162	-0.046	-0.0575	0.1088	0.0386	-0.1049	-0.0141	0.0156	-0.0182	0.0511	0.0028	-0.0032	0.0634	-0.0026	0.0525	26.3122	28.3938	13.9953
2	3.5928	-1.4149	1.987	3.1196	-1.5156	4.1559	0.0764	0.2009	-0.0883	-0.2847	0.0202	-0.1152	0.1244	0.1043	-0.0839	0.094	-0.005	0.0267	0.118	-0.0345	0.0615	28.3226	27.3653	-1.2869
3	2.3709	0.0303	0.1773	3.0663	-0.3432	2.947	-0.0391	-0.2226	-0.1066	0.1386	0.0249	0.3443	0.017	-0.4188	0.0123	0.0674	-0.0196	-0.014	0.1196	0.0215	0.1142	12.4321	24.1731	9.602
4	4.0323	4.0016	-0.2319	7.7053	-4.0483	5.9666	-0.0507	0.0601	-0.1282	-0.5181	0.0393	-0.0654	0.0398	-0.0251	0.0011	0.0902	0.0022	-0.0226	0.1028	0.0009	0.0557	15.2929	32.7588	-5.4164
5	9.5449	-4.7016	-2.8133	8.2554	2.6021	7.9204	0.0058	0.2084	0.3576	-0.3054	-0.1779	-0.1924	-0.5455	0.1408	0.1613	0.2406	-0.0016	-0.1265	0.0867	0.0212	0.1968	12.6524	44.7149	-5.1464
6	1.8901	-0.1714	0.6565	2.058	-0.6818	1.1552	-0.0944	0.0158	0.0936	-0.0639	0.0164	0.0752	-0.2542	-0.1721	0.0518	0.1158	0.0225	-0.0194	0.0887	-0.0163	0.0571	15.9938	35.842	2.6521
7	3.3583	0.2891	-1.0763	4.3315	-3.5598	4.8812	-0.0561	-0.0066	0.4515	-0.1724	0.1325	0.7591	-0.1276	-0.4024	-0.0876	0.1321	0.1244	-0.0504	0.2963	-0.0013	0.198	3.4065	36.6087	1.9663
8	5.5854	0.6067	1.6515	1.548	0.2095	1.9402	-0.1965	0.2427	0.2299	-0.1897	0.1747	-0.2197	-0.2525	0.2064	0.0307	0.1367	-0.0269	0.0247	0.057	-0.0161	0.1207	31.0611	38.9787	4.7431
9	3.9316	2.5214	0.0772	3.3271	0.2587	4.4341	-0.0376	-0.1278	0.3398	-0.0447	0.0893	0.6182	-0.489	-0.4614	-0.0601	0.1479	0.084	-0.0197	0.1639	0.004	0.1242	12.0374	38.3485	12.0966
10	6.5129	0.0072	0.3339	4.404	-0.8087	3.7344	-0.1318	0.158	0.76	-0.2464	-0.0404	0.3452	-0.5148	-0.5126	0.1516	0.2437	0.1268	-0.0427	0.2695	-0.043	0.1848	11.0163	41.0701	16.0415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 16:114)	A	16 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 115:135)	A	115 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 136:158)	A	136 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 159:164)	A	159 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 165:170)	A	165 - 170
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 171:220)	A	171 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 221:224)	A	221 - 224
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 225:245)	A	225 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain I and resid 1:6)	I	1 - 6
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain I and resid 7:14)	I	7 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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