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- PDB-6bus: Extended E2 DNA-binding domain of the Bovine Papillomavirus-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bus
タイトルExtended E2 DNA-binding domain of the Bovine Papillomavirus-1
要素Regulatory protein E2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Open reading frame / E2 / BPV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain ...Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leroy, L.M.D. / Barbosa, J.A.R.G. / Polikarpov, I. / Pinheiro, C.B.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior ブラジル
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: The structure of the extended E2 DNA-binding domain of the bovine papillomavirus-1.
著者: Leroy, L. / Barbosa, J.A.R.G. / de Prat-Gay, G. / Polikarpov, I. / Pinheiro, C.B.
履歴
登録2017年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Regulatory protein E2
2: Regulatory protein E2
3: Regulatory protein E2
4: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3094
ポリマ－46,3094
非ポリマー00
水3,549197
1
1: Regulatory protein E2
2: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1542
ポリマ－23,1542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
3: Regulatory protein E2
4: Regulatory protein E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1542
ポリマ－23,1542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.203, 55.203, 203.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein E2


分子量: 11577.162 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 310-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
遺伝子: E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03122
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: sodium citrate, PEG 4000 and ammonium acetate / PH範囲: 4.6-5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.39 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.39 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.8 Å / Num. obs: 29354 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 1816 / CC1/2: 0.543 / Rpim(I) all: 0.419 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BOP

2bop


解像度: 1.9→67.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.169
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2605 1457 5 %RANDOM
Rwork0.2138 ---
obs0.2161 29287 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.97 Å2 / Biso mean: 28.8264 Å2 / Biso min: 8.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å2-0 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 0 197 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9224040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.74836237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9895367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.53922.808146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39315486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3681524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5092.7761480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5082.7761479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8984.1471843
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 113 -
Rwork0.345 1997 -
all-2110 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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