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- PDB-6bsw: Crystal structure of Xyloglucan Xylosyltransferase 1 ternary form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bsw
タイトルCrystal structure of Xyloglucan Xylosyltransferase 1 ternary form
要素Xyloglucan 6-xylosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Xyloglucan / xylosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan 6-xylosyltransferase / xyloglucan 6-xylosyltransferase activity / xyloglucan metabolic process / UDP-xylosyltransferase activity / polysaccharide biosynthetic process / Golgi medial cisterna / protein glycosylation / trans-Golgi network / endosome / Golgi membrane ...xyloglucan 6-xylosyltransferase / xyloglucan 6-xylosyltransferase activity / xyloglucan metabolic process / UDP-xylosyltransferase activity / polysaccharide biosynthetic process / Golgi medial cisterna / protein glycosylation / trans-Golgi network / endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase 34 / galactosyl transferase GMA12/MNN10 family / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellohexaose / : / NITRATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Xyloglucan 6-xylosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.156 Å
データ登録者Culbertson, A.T. / Ehrlich, J.J. / Choe, J. / Honzatko, R.B. / Zabotina, O.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1121163 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of xyloglucan xylosyltransferase 1 reveals simple steric rules that define biological patterns of xyloglucan polymers.
著者: Culbertson, A.T. / Ehrlich, J.J. / Choe, J.Y. / Honzatko, R.B. / Zabotina, O.A.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloglucan 6-xylosyltransferase 1
B: Xyloglucan 6-xylosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,39211
ポリマ－79,0852
非ポリマー2,3079
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.037, 94.889, 145.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Xyloglucan 6-xylosyltransferase 1 / AtXT1


分子量: 39542.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: XXT1, XT1, At3g62720, F26K9_150 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9LZJ3, xyloglucan 6-xylosyltransferase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 217分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, Na-Nitrate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.43 Å / Num. obs: 45315 / % possible obs: 92.14 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1144 / Rpim(I) all: 0.05202 / Rrim(I) all: 0.1262 / Net I/σ(I): 10.39
反射 シェル解像度: 2.15→2.234 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5292 / Num. unique obs: 3194 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.05202 / Rrim(I) all: 0.1262 / % possible all: 65.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.156→48.428 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2000 4.41 %
Rwork0.1825 43308 -
obs0.1845 45308 92.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.63 Å2 / Biso mean: 51.9324 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.156→48.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 260 209 6035
Biso mean--63.83 45.31 -
残基数----674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.528003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1483416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1558-2.20970.3365930.24292023211661
2.2097-2.26940.24991160.24542503261976
2.2694-2.33620.27021250.24972689281481
2.3362-2.41160.29541310.2452860299186
2.4116-2.49780.3321380.23072998313691
2.4978-2.59780.26311460.22633134328095
2.5978-2.7160.26021530.22683326347999
2.716-2.85920.26431530.214633073460100
2.8592-3.03830.23851540.206333533507100
3.0383-3.27290.23051560.198633473503100
3.2729-3.60220.21351560.184133823538100
3.6022-4.12320.21411570.154634013558100
4.1232-5.19380.17961570.13334103567100
5.1938-48.440.22171650.166835753740100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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