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- PDB-5w5q: MAP4K4 in complex with inhibitor compound 12 (N3-methyl-10-(3-met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5q
タイトルMAP4K4 in complex with inhibitor compound 12 (N3-methyl-10-(3-methyl-3-(5-methyloxazol-2-yl)but-1-yn-1-yl)-6,7-dihydro-5H-5,7-methanobenzo[c]imidazo[1,2-a]azepine-2,3-dicarboxamide)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / neuron projection morphogenesis / MAPK cascade / Oxidative Stress Induced Senescence / microtubule binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of cell migration / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9X4 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P.
引用
ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure Based Design of Potent Selective Inhibitors of Protein Kinase D1 (PKD1).
著者: Feng, J.A. / Lee, P. / Alaoui, M.H. / Barrett, K. / Castanedo, G. / Godemann, R. / McEwan, P. / Wang, X. / Wu, P. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Staben, S.T.
#1: ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure based design of potent selective inhibitors of protein kinase D1 (PKD1)
著者: Feng, J.W. / Lee, P. / Alaoui, M.H. / Barrett, K. / Castaneda, G.M. / Godemann, R. / McEwan, P. / Wang, X. / Wu, P. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Staben, S.T.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.32019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1843
ポリマ－75,7402
非ポリマー4431
水3,855214
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3142
ポリマ－37,8701
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8701
ポリマ－37,8701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.611, 89.676, 90.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37870.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-328 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9X4 / (5s,7s)-N~3~-methyl-10-[3-methyl-3-(5-methyl-1,3-oxazol-2-yl)but-1-yn-1-yl]-6,7-dihydro-5H-5,7-methanoimidazo[2,1-a][2]benzazepine-2,3-dicarboxamide


分子量: 443.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 35% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→90.65 Å / Num. obs: 28901 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 52.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 25.5 / Num. measured all: 188764 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.33-2.66.50.4475222180740.9430.1890.4864.5
5.2-90.656.20.01917312277410.0080.0270.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.33→59.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9321 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9233 / SU R Cruickshank DPI: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.39 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.229
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 1457 5.08 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2108 28690 99.85 %-
原子変位パラメータBiso max: 171.4 Å2 / Biso mean: 55.71 Å2 / Biso min: 17.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.2032 Å20 Å20 Å2
2---10.2195 Å20 Å2
3---0.0163 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.327 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→59.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4749 0 33 214 4996
Biso mean--37.14 48.37 -
残基数----588
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1761SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes730HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4913HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion626SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5763SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4913HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6646HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.35
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 158 5.32 %
Rwork0.2306 2810 -
all0.2336 2968 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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