PDB-6boo: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6boo

タイトル

Crystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fumigatus with oxaloacetate and coenzyme-A.

要素

2-methylcitrate synthase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / mcsA / 2-methylcitrate synthase / citrate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-methylcitrate synthase / 2-methylcitrate synthase activity / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / citrate synthase activity / citrate synthase (unknown stereospecificity) / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schlachter, C. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Comparative studies of Aspergillus fumigatus 2-methylcitrate synthase and human citrate synthase.
著者: Schlachter, C.R. / Klapper, V. / Radford, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6boo.cif.gz	660.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6boo.ent.gz	548.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6boo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6boo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6boo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uqoSC 5uqqC 5uqrC 5uqsC 5uquC 5uzpC 5uzqC 5uzrC 6bolC 6bomC 6bonC 6bopC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uqr-d 3l2k-d 6csc-d 2zis-d 1x81-d 2hvh-1 3gsb-d 3ez5-2 3ksl-d 4gtq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (9) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (11)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (9)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

B: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

A: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

C: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

D: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

C: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

D: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.882, 68.785, 123.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	C
1	3	B
2	3	D
1	4	A
2	4	C
1	5	A
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 465 / Label seq-ID: 7 - 441

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	B	A
2	1	A	B
1	2	B	A
2	2	C	C
1	3	B	A
2	3	D	D
1	4	A	B
2	4	C	C
1	5	A	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	2-methylcitrate synthase, mitochondrial / Methylcitrate synthase / (2S / 3S)-2-methylcitrate synthase / Citrate synthase 2 分子量: 48557.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ) 株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: mcsA, AFUB_094700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B0YD89, 2-methylcitrate synthase, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物	ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION 分子量: 131.064 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 28% PEGMME2000 1.0 mM oxaloacetate 1.0 mM coenzyme-A

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 47339 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.103 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 2362 / R_pim(I) all: 0.346 / R_rim(I) all: 0.622 / R_sym value: 0.437 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UQO

5uqo

解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.359 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23683	2163	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19913	-	-	-
obs	0.20091	43765	94.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	-0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	0.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13518	0	141	196	13855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	14002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	13109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.982	19012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.627	3	30435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.311	5	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.309	24.108	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.946	15	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.757	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	15517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.239	3.232	6956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.239	3.232	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.231	4.845	8688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.231	4.846	8689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.002	3.338	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.002	3.338	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.828	4.952	10325
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.59	38.467	16273
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.59	38.466	16274
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	29724	0.04
1	2	A	29724	0.04
2	1	B	28520	0.08
2	2	C	28520	0.08
3	1	B	28598	0.08
3	2	D	28598	0.08
4	1	A	28520	0.08
4	2	C	28520	0.08
5	1	A	28598	0.08
5	2	D	28598	0.08
6	1	C	29280	0.04
6	2	D	29280	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	164	-
R_work	0.297	3218	-
obs	-	-	95.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8045	-0.3442	-0.1346	0.7814	0.1966	0.4566	-0.0928	-0.213	-0.1536	0.1306	0.0552	0.0533	0.0092	-0.0081	0.0376	0.0256	0.0232	0.0142	0.0793	0.0554	0.1442	-56.243	-15.485	43.336
2	0.8598	0.3408	0.1489	0.7783	0.1093	0.559	-0.0893	0.1838	0.1473	-0.1197	0.0599	0.0746	-0.0058	0.0037	0.0294	0.0222	-0.0218	-0.0291	0.0563	0.0574	0.1337	-9.831	0.13	18.66
3	0.1133	-0.1314	0.1038	0.4824	0.0335	0.4719	-0.0047	0.0083	0.0044	0.0802	-0.0153	0.0324	-0.0305	-0.0276	0.02	0.0318	-0.0041	-0.0011	0.042	-0.0024	0.1592	-0.422	12.754	45.033
4	0.1354	0.0917	-0.163	0.4987	0.0834	0.5951	-0.001	0.0012	0.0117	-0.1037	-0.0136	0.044	0.0123	-0.037	0.0146	0.0373	0.0051	-0.0234	0.0454	-0.0009	0.1677	-46.959	-28.136	16.946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 465
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 465
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	31 - 465
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	31 - 465

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)