PDB-5uqs: Crystal structure of Citrate synthase from Sus scrofa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqs

タイトル

Crystal structure of Citrate synthase from Sus scrofa

要素

Citrate synthase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / porcine citrate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / citrate (Si)-synthase / Citric acid cycle (TCA cycle) / citrate synthase activity / : / citrate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schlachter, C. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Comparative studies of Aspergillus fumigatus 2-methylcitrate synthase and human citrate synthase.
著者: Schlachter, C.R. / Klapper, V. / Radford, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2020年6月17日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / entity_src_nat Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.src_method
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqs.cif.gz	367.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqs.ent.gz	296.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqs_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqs_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	5uqs_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	5uqs_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uqoC 5uqqC 5uqrC 5uquC 5uzpC 5uzqC 5uzrC 6bolC 6bomC 6bonC 6booC 6bopC 3enjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uzp-d 4x0p-2 6k5v-1 5uzr-d 1cts-1 6bop-1 5uqq-3 2e2t-d 6bol-d 1avl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Citrate synthase, mitochondrial

C: Citrate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.575, 59.884, 74.761
Angle α, β, γ (deg.)	99.60, 98.47, 117.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 462 / Label seq-ID: 31 - 462

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	C	B

#1: タンパク質	Citrate synthase, mitochondrial / Citrate (Si)-synthase 分子量: 51691.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00889, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 NaTartrate pH 7.85, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50.01 Å / Num. obs: 104042 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.068 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.95
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 5428 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.359 / R_rim(I) all: 0.53 / R_sym value: 0.344 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ENJ

3enj

解像度: 1.6→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17844	5481	5 %	RANDOM
R_work	0.15253	-	-	-
obs	0.15384	104042	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0.04 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0.12 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6849	0	2	1058	7909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	7070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.962	9607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.604	3	15283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.432	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.577	24.026	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.703	15	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.421	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.37	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.959	1.369	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.631	2.049	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.631	2.05	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.347	1.56	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.347	1.56	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.197	2.26	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.619	27.422	31673
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.257	25.945	30367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 28650 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	C

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	391	-
R_work	0.24	7428	-
obs	-	-	93.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.656	6.5987	0.7391	7.2133	-1.2678	6.1086	-0.2415	0.2544	-0.2159	-0.4651	-0.0557	-0.3377	0.6793	0.9279	0.2972	0.113	0.0861	0.0578	0.2375	0.0213	0.1668	21.678	-0.129	3.644
2	0.3105	-0.0345	-0.0295	0.2857	0.08	0.5751	0.0142	0.0588	0.0017	-0.0204	0.0006	-0.0411	0.0365	0.0973	-0.0149	0.0134	0.0054	0.0013	0.0331	-0.0005	0.0062	5.498	0.114	4.695
3	1.0433	-0.6994	0.5038	1.7739	-0.126	0.9205	-0.0202	0.0141	0.0588	-0.0524	-0.0455	0.1942	0.0258	-0.1014	0.0657	0.0253	-0.0014	-0.0237	0.078	-0.0242	0.0557	-15.824	4.192	-12.567
4	0.1824	-0.2252	0.0551	0.4021	0.0813	0.751	-0.0356	0.0245	0.0238	0.0062	0.0022	-0.0006	-0.0712	0.034	0.0335	0.0257	-0.0177	-0.0028	0.02	-0.0006	0.0321	-1.627	11.496	15.74
5	0.1037	-0.1511	-0.2529	0.9165	0.0961	0.913	-0.0036	0.0395	-0.0129	0.0053	0	0.16	-0.0915	-0.1423	0.0036	0.0503	0.0108	-0.0129	0.0237	0.0065	0.0682	-18.044	17.382	21.766
6	0.1782	-0.0317	0.118	0.4241	0.2916	1.247	0.0027	-0.0388	-0.0017	0.1243	-0.0434	0.0612	0.1937	-0.1641	0.0407	0.0604	-0.0346	0.0199	0.039	-0.003	0.0122	-13.142	-2.8	30.283
7	0.5506	0.6928	0.2833	1.3279	0.3739	1.2345	-0.0837	-0.0369	0.0091	-0.0571	0.1173	-0.0469	0.0374	0.1303	-0.0337	0.0611	0.0269	-0.0181	0.0811	-0.025	0.0105	7.196	6.303	46.705
8	0.0315	-0.0309	0.0916	0.4736	0.1535	0.8865	-0.0145	-0.0198	0.0172	0.0131	-0.0313	-0.0209	-0.0362	-0.0285	0.0458	0.0211	0.0035	-0.0053	0.0382	0.005	0.0373	-6.859	9.731	18.472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	303 - 420
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	421 - 464
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	30 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	74 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	308 - 418
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	419 - 463

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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