PDB-6bo7: Crystal structure of Plasmodium vivax hypoxanthine guanine phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bo7

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3R,4R]-4-guanin-9-yl-3-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethyl)oxy-1-N-(phosphonopropionyl)pyrrolidine

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / Phosphonate / Phosphoribosyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.856 Å

データ登録者

Guddat, L.W. / Keough, D.T. / Rejman, D.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Design of Plasmodium vivax Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Inhibitors as Potential Antimalarial Therapeutics.
著者: Keough, D.T. / Rejman, D. / Pohl, R. / Zbornikova, E. / Hockova, D. / Croll, T. / Edstein, M.D. / Birrell, G.W. / Chavchich, M. / Naesens, L.M.J. / Pierens, G.K. / Brereton, I.M. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2017年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年12月13日	ID: 5HHU
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bo7.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bo7.ent.gz	930.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bo7_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bo7_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	6bo7_validation.xml.gz	94.2 KB	表示
CIF形式データ	6bo7_validation.cif.gz	118.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hiaC 6bnjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ozf-d 1qk4-d 3ozg-2 1cjb-2 1dbr-d 5zrn-d 1fsg-1 6dgi-d 5eu9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

I: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

J: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

K: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

L: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

339 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Subunits a, b, c, and d are one tetramer e, f, g, and h a second and i, j, k and l are the third tetramer in the asymmetric unit
113 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

I: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

J: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
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3

G: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

K: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

L: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.784, 219.854, 254.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase 分子量: 27706.842 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_080017300, PVP01_0812500, PVT01_080017400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1G4HBT9, UniProt: A5K7E9*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-YPG / [3-[(3~{R},4~{R})-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-[(2~{S})-2-oxidanyl-2-phosphono-ethoxy]pyrrolidin-1-y l]-3-oxidanylidene-propyl]phosphonic acid / [3R,4R]-4-guanin-9-yl-3-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethyl)oxy-1-N-(phosphonopropionyl)pyrrolidine 分子量: 496.306 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₂N₆O₁₀P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-tris propane, pH 8.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→39.168 Å / Num. obs: 73747 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 3627 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.856→39.168 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1999	2.72 %
R_work	0.2304	-	-
obs	0.2311	73367	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.856→39.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21466	0	411	0	21877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	22375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.835	30277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.696	8307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8562-2.9276	0.4233	139	0.3642	4979	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9276-3.0068	0.3623	140	0.3377	4963	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0068-3.0952	0.3283	143	0.3158	5123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0952-3.1951	0.3216	140	0.299	4995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1951-3.3092	0.318	143	0.2916	5084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3092-3.4416	0.3661	141	0.287	5042	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4416-3.5982	0.3051	139	0.3056	4966	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5982-3.7877	0.3674	140	0.2944	5034	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7877-4.0248	0.2057	143	0.2191	5092	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0248-4.3352	0.2042	143	0.1886	5102	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3352-4.7708	0.189	143	0.1584	5121	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7708-5.4595	0.1849	145	0.172	5183	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4595-6.8724	0.224	147	0.208	5259	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8724-39.1716	0.224	153	0.1902	5425	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9242	0.7257	0.2405	2.0075	-0.5938	0.7422	-0.1077	-0.1705	0.1588	-0.0213	-0.1812	0.2021	0.6665	-0.4726	-0.0917	0.5352	-0.0657	0.0436	0.5954	-0.0758	0.4235	-27.543	36.5832	-120.732
2	3.1027	-0.6228	0.5875	1.6123	-0.4621	0.1851	-0.0824	0.6597	0.4954	-0.4131	0.0443	-0.288	-0.3416	0.3164	0.0043	0.2877	0.0392	0.0075	0.4701	-0.0204	0.2622	1.6899	47.7253	-122.0471
3	1.5294	0.1204	-0.2587	2.8258	0.2446	1.8506	0.0319	-0.1751	0.0932	0.5256	0.0221	0.7181	-0.0304	-0.3905	-0.0616	0.3699	0.0028	0.0717	0.4077	-0.0349	0.3259	-20.442	40.2965	-110.2217
4	1.1256	0.4172	-0.6037	2.8896	0.1538	3.201	0.3207	-0.7092	-0.106	0.4931	-0.5428	0.4922	-0.2897	-0.2679	0.0417	0.4937	0.1238	0.2017	0.3885	-0.059	0.626	-22.0015	43.933	-103.1568
5	3.5966	-0.9438	0.4242	3.5924	0.1925	0.1125	0.6534	-1.129	-0.8337	0.6619	-0.2629	0.0537	0.9739	-0.3813	0.2871	0.8535	0.1372	-0.1726	0.3742	0.1755	0.5746	-13.7943	25.203	-104.8758
6	2.7548	0.5244	0.4822	1.222	-0.1972	1.6522	-0.0394	0.1485	-0.5191	0.2183	-0.005	-0.0215	0.419	0.0771	0.0443	0.3801	0.0503	0.0379	0.3791	-0.0945	0.2918	-10.5306	31.6176	-117.2546
7	0.3572	-0.2189	-0.4793	0.1689	0.1707	0.7834	-0.1574	0.9611	-0.2273	-0.2838	0.2104	-0.5206	-0.8026	0.3077	-0.0382	0.177	-0.0948	0.0311	0.6742	-0.0465	0.6725	8.4652	67.9983	-123.1288
8	7	3.5079	-2.9333	2.2182	-0.8806	1.8919	-0.7703	0.6469	-0.3542	-1.0745	0.4693	0.9951	0.1506	-0.65	-0.25	0.5074	-0.0361	-0.0297	0.669	0.0068	0.4777	-16.5502	54.5692	-127.8864
9	1.6859	0.4987	0.607	1.7165	0.148	1.995	0.2913	0.0337	-0.2387	0.2658	-0.2013	-0.2136	-0.194	0.1752	-0.0336	0.2599	0.0186	-0.0452	0.3769	-0.0006	0.299	-11.5904	59.1787	-117.2287
10	0.8888	1.1437	-0.8874	2.4077	-0.9609	1.7359	0.3462	-0.2133	-0.3831	0.6753	-0.0968	-0.2328	-0.201	0.8311	0.0511	0.5102	0.0002	-0.1226	0.5341	0.016	0.4769	2.5218	67.1232	-106.434
11	6.1658	-1.0076	-1.9177	3.9361	-1.5177	4.9508	0.9351	0.0223	2.0071	-0.1797	0.8552	0.0764	-1.1897	-0.3965	1.0161	0.5765	-0.1675	-0.2347	0.4051	-0.2404	0.3581	-5.508	81.9827	-109.1702
12	3.3845	0.3396	0.4325	1.6202	-0.3137	2.8805	-0.2714	-0.8679	1.1011	0.0039	-0.1492	0.0812	-1.3557	-0.9519	-0.0009	0.4045	-0.0818	0.0051	0.4532	0.0395	0.3527	0.5173	77.9651	-115.0709
13	0.838	0.4734	-0.2703	1.2663	-0.5642	1.1941	0.079	0.1321	0.5291	-0.0549	-0.0174	-0.2159	-0.5556	0.3297	-0.0063	0.4073	0.0092	-0.0378	0.5785	0.1016	0.4196	-0.5502	77.4419	-122.301
14	3.7191	-0.9943	-0.4161	2.2323	-0.3835	1.6429	0.0411	0.0728	0.3834	-0.2906	0.1806	0.2998	0.0541	-0.0865	-0.0657	0.3692	0.0711	-0.0524	0.3478	0.1132	0.3614	-20.9376	67.5154	-121.6207
15	1.4536	0.0323	0.5441	1.8389	-0.2183	1.584	-0.2046	0.0067	0.1251	1.0256	0.0967	0.1977	0.5183	0.106	0.0106	0.9953	0.2676	-0.1224	0.4488	-0.0583	0.1777	-6.7857	45.7472	-84.6641
16	1.4045	0.0914	-0.4358	1.9284	0.4204	2.1448	-0.078	0.0183	0.203	0.2371	0.2335	-0.2371	0.0885	0.1695	-0.0193	0.5047	0.1496	-0.0714	0.4198	-0.0347	0.2533	-2.7512	44.0057	-95.7669
17	2.8292	-0.085	0.0156	3.3004	-0.6742	3.2844	-0.6032	0.1818	0.3666	0.7364	-0.0988	-0.5348	0.1102	0.8438	-0.6423	0.3973	0.1569	-0.1958	0.4088	-0.0161	0.3812	3.9618	36.0699	-103.2428
18	3.1601	2.1145	-0.3179	2.5138	-1.1459	0.7888	-0.7341	0.5779	-1.6169	0.3854	0.5552	-1.838	0.8567	-0.1642	-0.1996	0.9126	0.5257	-0.3273	0.1116	0.3107	-0.1464	1.0622	27.7953	-91.3113
19	0.0488	-0.0644	0.1066	0.108	-0.0113	0.2155	-0.0899	0.0003	-0.6777	0.5387	-0.0925	-0.0623	0.6165	1.0264	-1.2546	1.3279	0.672	-0.3431	0.7162	0.1131	0.3223	-1.2345	35.8958	-79.5563
20	1.8796	-0.2552	0.358	2.6249	0.783	1.3029	-0.2703	-0.2599	-0.3748	0.8081	0.0887	0.7406	-0.0919	-0.5251	-0.0485	0.8449	0.2013	0.2011	0.4796	0.0961	0.3716	-20.021	39.1213	-86.5484
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63	4.4462	1.3633	4.0718	0.939	1.3256	7.863	0.8462	-0.0598	0.1173	-0.7001	0.3491	1.2705	-0.0649	0.593	0.3765	0.5547	0.0573	-0.1627	0.2232	0.2278	0.7419	5.1843	-7.5298	-115.7721
64	1.3999	0.4604	-0.2103	1.6484	0.2015	2.2086	-0.0576	0.3604	-0.0019	-0.434	0.0038	-0.0376	-0.12	-0.104	0.0324	0.3683	-0.0385	0.0511	0.4233	-0.1037	0.3394	3.9702	-21.9819	-115.9074
65	4.3144	0.8292	-1.5592	1.3471	-0.6977	1.917	-0.1174	0.6109	-1.0434	-0.1316	0.1699	-0.1792	0.5602	-0.4888	0.525	0.7167	-0.269	0.111	0.3797	-0.0895	0.5842	-7.8362	-47.8157	-88.5723
66	2.3545	-0.976	-0.1148	0.8768	-0.9375	2.0297	-0.1455	0.8376	-0.706	-0.5823	0.3377	-0.933	0.6924	0.3786	0.0386	0.4282	0.0713	0.1113	0.4006	-0.1022	0.5728	17.0259	-36.2379	-95.8379
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72	2.9808	0.1122	0.471	0.8981	-0.1606	1.1252	0.0891	-0.3922	-0.3714	-0.2177	-0.1216	-0.4648	0.0058	0.272	0.0464	0.4766	0.0748	0.0794	0.4486	0.0453	0.6336	16.2712	-41.4846	-86.2151
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83	2.1033	1.2844	-1.2095	2.0301	0.2539	2.3998	0.0861	0.2341	0.4364	0.179	-0.0517	0.1241	-0.3047	-0.5592	-0.0698	0.2804	0.0699	0.0981	0.5248	0.0227	0.4973	-41.6323	12.9737	-29.143
84	3.8864	0.1241	-1.1669	1.5051	1.9676	3.0813	0.3125	0.1876	-0.2746	0.2506	0.0397	1.0056	-0.0854	0.4445	-0.2679	0.5099	0.0599	0.0425	0.6235	0.0183	0.7352	-44.2608	11.1697	-21.6938
85	3.2551	-1.5084	-0.529	3.0221	0.3828	1.6394	0.4393	-0.7826	0.0036	0.1302	0.0061	-0.0382	0.3908	-0.5766	0.0463	0.2944	-0.1272	0.0761	0.5937	-0.0262	0.5864	-45.3541	2.6131	-22.5686
86	1.8015	0.0324	0.6052	1.5436	0.2447	2.5493	0.2577	-0.1778	-0.4231	0.1242	-0.1892	0.1694	0.3224	-0.0503	0.0303	0.3853	-0.0357	0.0524	0.3178	0.0263	0.5118	-33.3088	-3.3502	-27.634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 132 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 133 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -1 through 18 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 19 through 29 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 30 through 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 65 through 105 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 106 through 132 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 133 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 151 through 190 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 191 through 228 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 36 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 37 through 96 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 97 through 114 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 115 through 176 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 177 through 190 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 191 through 228 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 2 through 21 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 22 through 36 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 37 through 64 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 65 through 79 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 80 through 96 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 97 through 114 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 115 through 144 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 145 through 162 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 163 through 190 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 191 through 228 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 21 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 22 through 46 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 47 through 79 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 80 through 96 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 97 through 135 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 136 through 190 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 191 through 228 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 0 through 19 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 20 through 46 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 47 through 79 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 80 through 96 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 97 through 114 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 115 through 135 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 136 through 150 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 151 through 176 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 177 through 190 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 191 through 208 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 209 through 228 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 2 through 96 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 97 through 114 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 115 through 135 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 136 through 228 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 2 through 21 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 22 through 46 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 47 through 79 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 80 through 114 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 115 through 135 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 136 through 163 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 164 through 190 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 191 through 228 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 2 through 94 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 95 through 105 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 106 through 132 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resid 133 through 228 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 2 through 21 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 22 through 46 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 47 through 79 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 80 through 105 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 106 through 132 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resid 133 through 150 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'J' and (resid 151 through 190 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'J' and (resid 191 through 228 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'K' and (resid 2 through 21 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'K' and (resid 22 through 46 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'K' and (resid 47 through 79 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'K' and (resid 80 through 94 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'K' and (resid 95 through 105 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'K' and (resid 106 through 132 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'K' and (resid 133 through 176 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'K' and (resid 177 through 190 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'K' and (resid 191 through 228 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'L' and (resid 2 through 64 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'L' and (resid 65 through 96 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'L' and (resid 97 through 131 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'L' and (resid 132 through 150 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'L' and (resid 151 through 228 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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