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- PDB-6bli: RSV G peptide bound to Fab CB002.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bli
タイトルRSV G peptide bound to Fab CB002.5
要素
  • CB002.5 Fab Heavy Chain
  • CB002.5 Fab Light Chain
  • Major surface glycoprotein G
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Viral attachment protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Major surface glycoprotein G / Pneumovirus attachment glycoprotein G / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major surface glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Jones, H.G. / McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition of the central conserved region of RSV G by neutralizing human antibodies.
著者: Jones, H.G. / Ritschel, T. / Pascual, G. / Brakenhoff, J.P.J. / Keogh, E. / Furmanova-Hollenstein, P. / Lanckacker, E. / Wadia, J.S. / Gilman, M.S.A. / Williamson, R.A. / Roymans, D. / van 't ...著者: Jones, H.G. / Ritschel, T. / Pascual, G. / Brakenhoff, J.P.J. / Keogh, E. / Furmanova-Hollenstein, P. / Lanckacker, E. / Wadia, J.S. / Gilman, M.S.A. / Williamson, R.A. / Roymans, D. / van 't Wout, A.B. / Langedijk, J.P. / McLellan, J.S.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CB002.5 Fab Heavy Chain
B: CB002.5 Fab Light Chain
C: Major surface glycoprotein G
D: CB002.5 Fab Heavy Chain
E: CB002.5 Fab Light Chain
F: Major surface glycoprotein G
G: CB002.5 Fab Heavy Chain
H: CB002.5 Fab Light Chain
I: Major surface glycoprotein G
J: CB002.5 Fab Heavy Chain
K: CB002.5 Fab Light Chain
L: Major surface glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,25412
ポリマ－213,25412
非ポリマー00
水33,0031832
1
A: CB002.5 Fab Heavy Chain
B: CB002.5 Fab Light Chain
C: Major surface glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3143
ポリマ－53,3143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
2
D: CB002.5 Fab Heavy Chain
E: CB002.5 Fab Light Chain
F: Major surface glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3143
ポリマ－53,3143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
3
G: CB002.5 Fab Heavy Chain
H: CB002.5 Fab Light Chain
I: Major surface glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3143
ポリマ－53,3143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
4
J: CB002.5 Fab Heavy Chain
K: CB002.5 Fab Light Chain
L: Major surface glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3143
ポリマ－53,3143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.760, 85.230, 214.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-537-

HOH

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要素

#1: 抗体
CB002.5 Fab Heavy Chain


分子量: 24605.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
CB002.5 Fab Light Chain


分子量: 23525.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Major surface glycoprotein G / Attachment glycoprotein G / Membrane-bound glycoprotein / mG


分子量: 5183.040 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: A peptide encompassing the RSV G central conserved region which includes two disulfide bonds which form a cysteine noose.
由来: (合成) Human respiratory syncytial virus A (strain rsb6256) (ウイルス)
参照: UniProt: P27025
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
解説: Large, flat plates (some crystals looked more like wide rods, while others were clearly plates).
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14.9% (w/v) PEG 3,350 and 0.1 M succinic acid.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→43.13 Å / Num. obs: 114818 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.12→2.16 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Num. unique obs: 5719 / CC1/2: 0.901 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER7.0.033位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NPY, 5IT2

4npy

5it2


解像度: 2.12→43.128 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 5573 4.86 %random
Rwork0.1691 ---
obs0.1714 114768 99.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→43.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14178 0 0 1837 16015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97419859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2428613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.14410.29821820.23223669X-RAY DIFFRACTION99
2.1441-2.16930.29091850.21713597X-RAY DIFFRACTION100
2.1693-2.19580.27911820.21243625X-RAY DIFFRACTION99
2.1958-2.22360.28651950.21143696X-RAY DIFFRACTION100
2.2236-2.25280.27531730.20783581X-RAY DIFFRACTION99
2.2528-2.28370.26211760.21023682X-RAY DIFFRACTION99
2.2837-2.31630.24942040.20053556X-RAY DIFFRACTION99
2.3163-2.35090.28861890.19783630X-RAY DIFFRACTION99
2.3509-2.38760.25881990.19393576X-RAY DIFFRACTION99
2.3876-2.42680.26531950.19143632X-RAY DIFFRACTION99
2.4268-2.46860.24292000.18423594X-RAY DIFFRACTION99
2.4686-2.51350.23041770.18983644X-RAY DIFFRACTION99
2.5135-2.56180.24911740.18673613X-RAY DIFFRACTION99
2.5618-2.61410.24261780.18943610X-RAY DIFFRACTION99
2.6141-2.67090.2591670.19123636X-RAY DIFFRACTION99
2.6709-2.73310.26881720.18673705X-RAY DIFFRACTION99
2.7331-2.80140.23111940.18113523X-RAY DIFFRACTION98
2.8014-2.87710.22861790.17623597X-RAY DIFFRACTION98
2.8771-2.96180.24341980.17873677X-RAY DIFFRACTION99
2.9618-3.05730.21141850.17923578X-RAY DIFFRACTION99
3.0573-3.16660.23031820.16963658X-RAY DIFFRACTION99
3.1666-3.29330.19681670.16783644X-RAY DIFFRACTION99
3.2933-3.44310.21871670.1573700X-RAY DIFFRACTION100
3.4431-3.62460.20151970.15343637X-RAY DIFFRACTION100
3.6246-3.85150.21152140.15643645X-RAY DIFFRACTION100
3.8515-4.14870.17142090.13993672X-RAY DIFFRACTION100
4.1487-4.56580.14711890.1233666X-RAY DIFFRACTION100
4.5658-5.22550.17781720.12313715X-RAY DIFFRACTION99
5.2255-6.57980.17041830.15013719X-RAY DIFFRACTION99
6.5798-43.13660.17011890.15763718X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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