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- PDB-6bi8: X-ray structure of MERS coronavirus papain-like protease in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bi8
タイトルX-ray structure of MERS coronavirus papain-like protease in complex with human ISG15
要素
  • ORF1a
  • Ubiquitin-like protein ISG15
キーワードHYDROLASE/SUBSTRATE / Complex / signaling protein / deISGylase / HYDROLASE / HYDROLASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / mRNA capping enzyme complex / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication ...ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / mRNA capping enzyme complex / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions / positive regulation of interleukin-10 production / host cell membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / viral genome replication / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / methyltransferase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / PKR-mediated signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / response to virus / protein tag activity / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / integrin binding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / endonuclease activity / methylation / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / defense response to virus / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / defense response to bacterium / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / : / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain ...Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / : / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Ubiquitin homologues / : / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / ORF1ab polyprotein / ORF1a / Ubiquitin-like protein ISG15
類似検索 - 構成要素
生物種Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.291 Å
データ登録者Clasman, J.C. / Mesecar, A.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085089 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA023168 米国
MEDC085P1000817 米国
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2020
タイトル: Decoupling deISGylating and deubiquitinating activities of the MERS virus papain-like protease.
著者: Clasman, J.R. / Everett, R.K. / Srinivasan, K. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / reflns / reflns_shell
Item: _refine.details / _refine.ls_d_res_high ..._refine.details / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _reflns.d_resolution_high / _reflns_shell.d_res_high
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF1a
B: ORF1a
C: Ubiquitin-like protein ISG15
D: Ubiquitin-like protein ISG15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,57120
ポリマ－91,9484
非ポリマー1,62216
水7,098394
1
A: ORF1a
C: Ubiquitin-like protein ISG15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5818
ポリマ－45,9742
非ポリマー6076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ORF1a
D: Ubiquitin-like protein ISG15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,99012
ポリマ－45,9742
非ポリマー1,01510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.035, 148.035, 134.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ORF1a


分子量: 28883.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス)
遺伝子: orf1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LC41, UniProt: K0BWD0*PLUS
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP


分子量: 17090.586 Da / 分子数: 2 / Mutation: C78S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161

-
非ポリマー , 7種, 410分子

#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.25 M Potassium Citrate, pH 8.3 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.291→100 Å / Num. obs: 48452 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.759 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 185967
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.291-2.343.60.5623920.7320.3370.6570.64499
2.34-2.383.60.49424330.7680.2970.5790.65698.5
2.38-2.433.50.46724210.790.2810.5480.69397.9
2.43-2.483.30.39723790.8170.2460.470.76995.6
2.48-2.533.10.3623290.8440.2260.4280.895.4
2.53-2.593.50.31923640.8830.190.3730.93298
2.59-2.664.10.28724710.9240.160.330.9699.7
2.66-2.734.10.2624390.9320.1480.31.06999.8
2.73-2.814.10.21624610.950.1210.2491.15499.8
2.81-2.94.10.19224490.9630.1070.2211.35199.8
2.9-34.10.16424440.9660.0920.1891.58299.6
3-3.124.10.1424840.9790.0780.1611.81699.8
3.12-3.264.10.1224360.9840.0670.1382.06799.8
3.26-3.4440.10424590.9870.0590.122.53799.6
3.44-3.6540.08524230.9910.0480.0982.99999.8
3.65-3.933.80.07124550.9930.0410.0823.01499
3.93-4.333.60.05824100.9940.0340.0683.03398.6
4.33-4.963.10.04723170.9960.030.0562.92193.8
4.96-6.244.30.05124530.9960.0270.0582.68299.8
6.24-1004.40.04524330.9970.0240.0512.73199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RF1, 1Z2M

4rf1

1z2m


解像度: 2.291→42.734 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 2006 4.14 %
Rwork0.1715 --
obs0.1735 48445 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.24 Å2 / Biso mean: 45.2931 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.291→42.734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 228 399 6981
Biso mean--56.2 41.31 -
残基数----824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0658957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6642410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.291-2.34830.27121360.20843184332095
2.3483-2.41180.26081440.20033337348198
2.4118-2.48270.25451380.19683206334496
2.4827-2.56290.2761420.1953239338197
2.5629-2.65440.25381440.188433473491100
2.6544-2.76070.2591480.1934133561100
2.7607-2.88630.24211430.178333233466100
2.8863-3.03850.23771490.175833863535100
3.0385-3.22880.21911450.17333773522100
3.2288-3.4780.22151430.169433283471100
3.478-3.82780.18741460.15583389353599
3.8278-4.38120.2011450.14923314345998
4.3812-5.51790.15391390.15393236337596
5.5179-42.74140.21781440.17983360350499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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