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- PDB-6bgt: Structure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bgt
タイトルStructure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracellular domain
要素
  • Herceptin heavy chain Fab fragment mutant
  • Herceptin light chain mutant
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Herceptin / antibody / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / GRB7 events in ERBB2 signaling / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / GRB7 events in ERBB2 signaling / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of microtubule-based process / PLCG1 events in ERBB2 signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuromuscular junction development / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ERBB2 Regulates Cell Motility / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / oligodendrocyte differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / regulation of angiogenesis / positive regulation of protein targeting to membrane / immunoglobulin complex / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / coreceptor activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / basal plasma membrane / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of translation / neuromuscular junction / wound healing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / protein phosphorylation / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / signaling receptor complex / endosome membrane / apical plasma membrane / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Alpha-Beta Horseshoe / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / : / Receptor L-domain ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Alpha-Beta Horseshoe / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / : / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / : / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Christie, M. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE160100608 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160104915 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Stable human IgG antibody therapeutics with native framework structure
著者: Christie, M. / Rouet, R. / Nevoltris, D. / Langley, D. / Schofield, P. / Fabri, L. / Tingly, K. / Lowe, D. / Jermutus, L. / Christ, D.
履歴
登録2017年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
A: Herceptin light chain mutant
B: Herceptin heavy chain Fab fragment mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9184
ポリマ－120,6973
非ポリマー2211
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area46100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.860, 114.460, 204.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 72499.469 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-652 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 Herceptin light chain mutant


分子量: 23494.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3Y4
#3: 抗体 Herceptin heavy chain Fab fragment mutant


分子量: 24703.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 18% PEG3350, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→53.2 Å / Num. obs: 41043 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N8Z

1n8z


解像度: 2.7→49.927 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 2007 4.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 40965 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7763 0 14 29 7806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83110897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3134835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76750.32551260.26452399X-RAY DIFFRACTION87
2.7675-2.84240.29481260.26342747X-RAY DIFFRACTION98
2.8424-2.9260.30931530.26592756X-RAY DIFFRACTION100
2.926-3.02040.32821510.26372772X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.12840.2931600.24152755X-RAY DIFFRACTION100
3.1284-3.25360.31161390.2262771X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.40160.26911480.2252779X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.58090.25651280.21942811X-RAY DIFFRACTION100
3.5809-3.80520.22781270.19572819X-RAY DIFFRACTION100
3.8052-4.09890.21171400.17732815X-RAY DIFFRACTION100
4.0989-4.51110.1861410.1572838X-RAY DIFFRACTION100
4.5111-5.16330.20271670.15522802X-RAY DIFFRACTION100
5.1633-6.5030.21311420.20382888X-RAY DIFFRACTION100
6.503-49.93540.2831590.22433006X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2161-0.30810.29450.4410.02540.7284-0.02310.00880.08620.08820.1127-0.0154-0.01530.00420.0390.164-0.0176-0.03380.1496-0.00480.2369-0.822728.175-48.6228
21.41810.3331.10120.6882-0.19441.7178-0.2236-0.20270.43320.41120.08010.3087-0.8024-0.1897-0.06050.93360.06570.02360.4893-0.06420.49237.494253.13013.9364
31.75490.39890.57291.20920.07731.6937-0.31610.37960.708-0.15880.22970.426-0.59920.16290.00090.7138-0.0161-0.04090.53810.10940.547630.384550.7722-13.7082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 1 through 607)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 1 through 211)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 1 through 220)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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