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- PDB-6bga: 2B4 I-Ek TCR-MHC complex with affinity-enhancing Velcro peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bga
タイトル2B4 I-Ek TCR-MHC complex with affinity-enhancing Velcro peptide
要素
  • (T cell receptor 2B4 ...) x 2
  • 2B4 peptide,MHC I-Ek B chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
  • Velcro peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / engineered peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response ...immunoglobulin mediated immune response / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain / MHC class II antigen IEk-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Gee, M.H. / Sibener, L.V. / Birnbaum, M.E. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103867 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI045757 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI057229 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Stress-testing the relationship between T cell receptor/peptide-MHC affinity and cross-reactivity using peptide velcro.
著者: Gee, M.H. / Sibener, L.V. / Birnbaum, M.E. / Jude, K.M. / Yang, X. / Fernandes, R.A. / Mendoza, J.L. / Glassman, C.R. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
B: 2B4 peptide,MHC I-Ek B chain
C: T cell receptor 2B4 alpha chain
D: T cell receptor 2B4 beta chain
E: Velcro peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,08413
ポリマ－104,6255
非ポリマー1,4588
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.107, 58.851, 224.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-509-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain


分子量: 23618.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質 2B4 peptide,MHC I-Ek B chain


分子量: 26586.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Eb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31163

-
T cell receptor 2B4 ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 T cell receptor 2B4 alpha chain


分子量: 24104.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: タンパク質 T cell receptor 2B4 beta chain


分子量: 29007.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#5: タンパク質・ペプチド Velcro peptide


分子量: 1308.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 2種, 4分子

#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 436分子

#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 18-20% PEG 3350, 20 mM Na/K phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.307→50 Å / Num. obs: 44671 / % possible obs: 97.24 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.38 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1416 / Rpim(I) all: 0.08509 / Rrim(I) all: 0.1658 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 2.307→2.39 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 1.043 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 4264 / CC1/2: 0.481 / Rpim(I) all: 0.6306 / Rrim(I) all: 1.223 / % possible all: 93.69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
Aimless0.1.26データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P2O

4p2o


解像度: 2.307→47.21 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2163 4.84 %Random
Rwork0.1924 ---
obs0.1946 44646 97.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6699 0 93 432 7224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.539496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7614156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3071-2.36070.37361290.3112679X-RAY DIFFRACTION92
2.3607-2.41980.33861310.29082823X-RAY DIFFRACTION98
2.4198-2.48520.34141560.2742810X-RAY DIFFRACTION98
2.4852-2.55830.33951330.26122718X-RAY DIFFRACTION94
2.5583-2.64090.29621480.23842842X-RAY DIFFRACTION98
2.6409-2.73520.28161420.23732847X-RAY DIFFRACTION98
2.7352-2.84470.28781430.22962835X-RAY DIFFRACTION98
2.8447-2.97420.26351680.22452841X-RAY DIFFRACTION98
2.9742-3.1310.2561120.20552786X-RAY DIFFRACTION96
3.131-3.32710.22311720.18822825X-RAY DIFFRACTION98
3.3271-3.58390.22381580.18022876X-RAY DIFFRACTION98
3.5839-3.94440.21781330.16312907X-RAY DIFFRACTION99
3.9444-4.51480.19231360.14072839X-RAY DIFFRACTION97
4.5148-5.68660.15961560.14482908X-RAY DIFFRACTION99
5.6866-47.22020.23021460.18372947X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.45772.0191-3.69663.1394-2.07073.0307-0.4244-1.5024-0.48450.60310.15440.02860.79620.78130.27530.27110.12620.05490.5013-0.02460.2991-24.8071-16.44424.3643
25.0246-4.81172.97675.8301-3.62095.13650.070.41460.06790.2787-0.2814-0.3062-0.3010.45190.21690.2598-0.0708-0.00920.22760.00120.2648-28.32892.2229-14.8387
33.349-1.02241.41641.0908-0.18292.4557-0.05840.24030.0742-0.04140.047-0.14210.05420.41120.02470.1945-0.01370.03540.237-0.00030.2467-22.794-2.4972-16.917
43.77220.75072.46110.71370.57732.3684-0.222-0.19460.6146-0.12220.01740.1533-0.1941-0.21110.20480.26560.0193-0.03210.2715-0.01720.3665-21.964613.7874-2.8953
53.30.9110.06522.4660.72531.3138-0.15330.02110.6888-0.0285-0.00080.2257-0.22230.0790.14820.26550.009-0.05370.2721-0.0070.371-17.656115.3595-1.6237
65.7576-3.9456-1.37564.79721.22633.23250.13250.2649-0.1277-0.1007-0.21220.28780.1911-0.15140.04040.1868-0.0690.04080.16450.04830.2089-37.7437-3.2415-18.6616
71.43730.14270.33240.726-0.2521.3305-0.0652-0.0654-0.05260.10790.05090.05350.1394-0.0150.02250.21780.02340.03140.2192-0.01220.2323-36.4806-7.7139-10.7342
82.5778-0.66320.28811.99720.74546.337-0.0013-0.54660.12720.56260.1462-0.19570.1537-0.0798-0.1240.31430.015-0.05440.4097-0.03440.2884-14.1215-0.383618.993
91.48761.05340.56623.35811.47562.6097-0.04470.1355-0.1547-0.04590.1596-0.00950.34860.0719-0.12540.3320.04490.00970.282-0.00720.2712-35.4502-30.6355-30.9377
107.41190.9429-1.78967.9711-0.04032.3365-0.09160.4438-0.4622-1.05740.14270.00841.3310.24620.07670.73750.0678-0.05260.4056-0.12920.435-43.1769-47.882-61.7421
110.88652.7169-2.58268.3116-8.01188.4795-0.6803-0.3391-0.71310.3657-0.0676-1.530.38171.28240.74030.7920.4905-0.03261.2031-0.11350.8266-27.2804-44.2816-63.9869
128.52861.2264-3.31673.76271.32827.92920.13330.39060.271-0.62620.19350.00721.00260.2086-0.39370.69730.11110.02390.2730.01150.4085-42.1716-43.3139-58.1305
133.4353.1262.74646.6079-0.96625.26520.64770.2336-0.7879-1.1096-0.3142-0.87880.03340.1117-0.37431.04390.16590.06230.7032-0.12120.6618-37.483-54.8942-62.7308
143.1034-1.59751.56525.59512.31633.9027-0.4370.1194-0.7003-0.5488-0.08970.14280.18130.42310.23080.3082-0.068-0.04960.370.05830.1349-36.6272-14.3216-50.2878
152.02870.4876-0.88921.06930.71464.6921-0.15790.3535-0.021-0.19480.1811-0.0708-0.15050.2733-0.03690.2316-0.00870.02020.31050.01520.2225-32.2555-11.174-42.4401
161.74731.4499-0.12835.2144-0.35853.7906-0.1480.4321-0.2329-0.34660.4660.09290.48170.155-0.27860.37930.0176-0.05740.3619-0.05380.2782-44.8238-34.1835-62.1284
175.84993.55552.16247.3419-2.06863.00310.59111.27281.8369-1.71070.3042-0.8325-1.97681.092-0.89011.0958-0.32190.2490.98050.1030.6849-31.8402-10.7151-69.3307
184.56453.08771.44116.9960.75943.6533-0.47540.77340.2856-1.04140.74250.61120.48070.0829-0.29330.6482-0.051-0.10770.54220.09840.2875-46.5232-27.5313-69.6861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 6:25)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 26:74)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 75:126)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 127:182)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid -26:-2)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid -1:93)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 94:190)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:112)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 113:144)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 145:151)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 152:180)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 181:200)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 0:19)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 20:119)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 120:216)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 217:226)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 227:244)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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