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- PDB-6bcs: LilrB2 D1D2 domains complexed with benzamidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bcs
タイトルLilrB2 D1D2 domains complexed with benzamidine
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptor / IG LIKE DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / positive regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of T cell tolerance induction / protein phosphatase 1 binding / positive regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of long-term synaptic potentiation / heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of protein metabolic process / MHC class I protein binding / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / ficolin-1-rich granule membrane / cellular defense response / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of protein dephosphorylation / cell adhesion molecule binding / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cao, Q. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)NIH AG054022 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Inhibiting amyloid-beta cytotoxicity through its interaction with the cell surface receptor LilrB2 by structure-based design.
著者: Cao, Q. / Shin, W.S. / Chan, H. / Vuong, C.K. / Dubois, B. / Li, B. / Murray, K.A. / Sawaya, M.R. / Feigon, J. / Black, D.L. / Eisenberg, D.S. / Jiang, L.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7749
ポリマ－22,0661
非ポリマー7088
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.050, 57.050, 101.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

DMS

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量: 22065.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2JNQ7, UniProt: Q8N423*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.53
詳細: 1.03 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.53, 2.76% PEG 3350, 1.4% w/v benzamidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.695 Å / Num. obs: 10310 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.269 % / Biso Wilson estimate: 34.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 17.98 / Num. measured all: 126498 / Scaling rejects: 55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.1512.0340.7373.97450.9090.76999.9
2.15-2.2111.340.5744.627180.9330.602100
2.21-2.2813.1270.4326.417160.9670.449100
2.28-2.3513.2250.3936.976790.9610.408100
2.35-2.4213.0510.3348.166610.9810.348100
2.42-2.5112.9380.2719.556470.9810.282100
2.51-2.612.7820.23310.726330.9910.242100
2.6-2.7112.4190.18612.835990.9920.194100
2.71-2.8311.3460.15214.435750.9930.1699.8
2.83-2.9712.8570.12218.325580.9960.127100
2.97-3.1313.1840.09422.65280.9970.09899.8
3.13-3.3212.9750.0728.295120.9990.073100
3.32-3.5512.7760.06830.764690.9990.0799.8
3.55-3.8311.8240.06133.844500.9990.063100
3.83-4.210.3940.05833.554160.9970.061100
4.2-4.712.0770.05441.23790.9980.05699.7
4.7-5.4211.470.05140.073450.9990.053100
5.42-6.6410.9860.053382910.9970.055100
6.64-9.399.6650.05436.212390.9970.05798.4
9.39-49.69510.0270.04540.221500.9990.047100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.69 Å50.58 Å
Translation1.69 Å50.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GW5

2gw5


解像度: 2.1→49.695 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1031 10 %
Rwork0.1821 --
obs0.1872 10309 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.14 Å2 / Biso mean: 37.5477 Å2 / Biso min: 17.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1471 0 46 62 1579
Biso mean--44.93 38.36 -
残基数----196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.187934
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0999-2.21060.31921420.223712861428
2.2106-2.34910.27111440.20412961440
2.3491-2.53050.31731440.211112951439
2.5305-2.78510.25821450.195713031448
2.7851-3.18810.26281480.202813261474
3.1881-4.01640.21291480.167813371485
4.0164-49.70870.19181600.163614351595
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.2388 Å / Origin y: 10.7851 Å / Origin z: -2.4184 Å
111213212223313233
T0.2051 Å2-0.001 Å20.0182 Å2-0.2274 Å2-0.0033 Å2--0.233 Å2
L0.3594 °20.2321 °20.226 °2-0.4338 °20.0394 °2--0.4631 °2
S0.051 Å °-0.0169 Å °-0.0383 Å °-0.0355 Å °-0.0164 Å °-0.0731 Å °0.024 Å °0.0319 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 198
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 4
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 105
4X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 3
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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