PDB-6b9z: Trastuzumab Fab v3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b9z

タイトル

Trastuzumab Fab v3

要素

Immunoglobulin G binding protein A
Protein L
Trastuzumab Fab heavy chain
Trastuzumab Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / Fab

機能・相同性

機能・相同性情報

IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

Finegoldia magna (バクテリア)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / King, J.D. / Williams, J.C.

引用

ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2018
タイトル: Template-Catalyzed, Disulfide Conjugation of Monoclonal Antibodies Using a Natural Amino Acid Tag.
著者: King, J.D. / Ma, Y. / Kuo, Y.C. / Bzymek, K.P. / Goodstein, L.H. / Meyer, K. / Moore, R.E. / Crow, D. / Colcher, D.M. / Singh, G. / Horne, D.A. / Williams, J.C.

履歴

登録	2017年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6b9z.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6b9z_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b9z_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
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CIF形式データ	6b9z_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6b9yC 6baeC 6bahC 4ioiS 4hjg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hjg-d 5u5f-d 4hkz-d 4ioi-d 6nt2-2 6bah-d 6o28-1 5u6a-d 1men-d 6o2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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血清アルブミン (Serum Albumin)
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ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trastuzumab Fab light chain

B: Trastuzumab Fab heavy chain

E: Protein L

C: Immunoglobulin G binding protein A

60.3 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.490, 105.290, 117.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Trastuzumab Fab light chain / HERCEPTIN Fab light chain 分子量: 23518.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: IGKC 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体	Trastuzumab Fab heavy chain / HERCEPTIN Fab heavy chain 分子量: 23822.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CSO is partially oxidized cysteine 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: S6B291
#3: タンパク質	Protein L 分子量: 6907.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918
#4: 抗体	Immunoglobulin G binding protein A 分子量: 6037.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UW42, UniProt: P02976*PLUS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→39.5 Å / Num. obs: 59094 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.76 / CC_1/2: 0.657 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IOI

4ioi

解像度: 1.82→39.5 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	2952	5 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.166	59086	98.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4224	0	0	573	4797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	6108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.921	2737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.8499	0.3077	138	0.2617	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8499-1.8818	0.2857	138	0.2292	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8818-1.916	0.2772	139	0.2171	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
1.916-1.9529	0.2422	139	0.2125	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9529-1.9927	0.2572	138	0.1966	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9927-2.036	0.2183	138	0.1886	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.036-2.0834	0.2296	139	0.195	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0834-2.1355	0.2169	140	0.182	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1355-2.1932	0.2718	133	0.1786	2537	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1932-2.2578	0.1977	140	0.1783	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2578-2.3306	0.1965	140	0.1686	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3306-2.4139	0.2026	141	0.1758	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4139-2.5106	0.2133	141	0.1729	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5106-2.6248	0.1984	142	0.1712	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6248-2.7631	0.1839	141	0.1746	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7631-2.9362	0.19	137	0.1737	2603	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9362-3.1628	0.217	144	0.1659	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1628-3.4809	0.1737	144	0.1567	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4809-3.9842	0.162	144	0.1442	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9842-5.0181	0.1213	144	0.1225	2729	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0181-39.508	0.1814	152	0.1624	2905	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1767	-1.3872	-2.9895	4.5224	-0.5661	4.1393	0.1443	0.2321	0.4866	-0.0475	-0.0237	-0.1155	-0.3323	0.0277	-0.0455	0.2236	-0.0352	-0.0036	0.2248	0.01	0.2806	26.1115	43.7157	8.6261
2	4.7717	-4.704	-0.9417	4.7087	0.6594	5.8204	0.1636	-0.8362	0.47	0.3167	0.4877	0.1293	-0.4765	0.4624	-0.6851	0.4529	-0.0592	0.035	0.3868	-0.0116	0.5082	28.4515	48.9089	12.5991
3	8.8599	-1.7992	5.2529	5.3596	-1.7254	5.5265	0.5168	1.0489	-0.3274	-0.725	-0.2754	0.8351	0.1006	-0.6986	-0.1906	0.5458	0.114	-0.0108	0.5908	-0.0506	0.4135	24.7195	-14.0023	-1.7538
4	5.3216	-4.1883	1.8866	3.8215	-1.5023	2.9614	0.0967	0.0447	-0.1774	-0.2769	-0.0618	0.0493	0.1903	0.0615	-0.0408	0.2497	0.0122	-0.0022	0.173	-0.0185	0.2089	28.0741	-8.4576	7.7912
5	6.3453	-3.3562	5.1494	5.4112	-2.8236	4.2256	0.2393	0.4281	0.3404	-0.6411	-0.4011	-0.7647	0.1582	0.3564	0.0754	0.3134	0.0631	0.1026	0.2963	0.0166	0.2857	33.0077	-3.5146	2.0223
6	1.0447	-0.1118	-0.2237	1.8038	0.9729	2.1363	0.0021	0.0151	0.0547	-0.0015	0.0247	-0.0078	-0.0597	-0.0906	-0.033	0.161	0.0108	-0.0058	0.2108	0.0124	0.2083	14.1001	29.518	9.5017
7	2.3681	1.8886	3.0791	1.751	2.5681	3.969	0.0547	-0.0577	-0.0343	-0.0993	-0.0679	-0.0118	-0.1597	0.0306	-0.0723	0.2128	0.0249	-0.0149	0.1904	0.0064	0.1945	20.4571	37.781	27.4492
8	4.0407	-3.3565	1.9966	7.1784	-1.9135	2.4357	0.1468	0.046	-0.2249	0.3765	0.1586	-0.1394	0.4573	0.3381	-0.2267	0.3821	0.0617	-0.0859	0.2701	-0.0791	0.1865	31.6425	25.9761	42.8677
9	4.6646	-0.1122	5.1436	2.4454	-0.3371	5.7697	-0.0129	0.0054	0.1612	0.0327	0.0998	-0.6317	0.1269	0.9548	-0.0947	0.3033	0.0463	-0.0303	0.5361	-0.1265	0.4094	39.7234	27.2468	38.825
10	1.7103	-1.2403	1.179	2.5679	-0.1	2.6167	0.0848	-0.1151	-0.1041	0.4683	0.1973	-0.4547	0.3411	0.331	-0.166	0.3312	0.0487	-0.0829	0.2735	-0.0374	0.2671	32.6763	29.0465	43.4668
11	1.7225	0.0953	0.0634	1.7785	-0.0763	3.0794	-0.3675	-0.4321	0.0566	0.3625	0.3015	-0.0443	0.1345	0.0197	0.0909	0.2541	0.0056	-0.014	0.1669	0.0114	0.2124	19.681	4.2417	18.303
12	8.3548	-4.1816	1.7545	3.6809	-2.0367	2.8507	0.0488	-0.0028	-0.5876	0.0249	0.1524	0.3084	0.2398	-0.2103	-0.2247	0.1987	-0.0508	0.0088	0.1989	-0.0047	0.2946	7.9921	4.1114	10.8885
13	2.9649	-0.7607	0.4872	5.3743	0.9452	2.4463	0.0366	0.1375	0.0722	-0.2442	-0.04	-0.1722	-0.0013	0.091	-0.0092	0.1782	0.0184	0.0099	0.1934	0.0426	0.1677	19.0561	9.7541	5.4019
14	1.8571	-1.1006	0.2853	3.7531	-0.3193	1.4231	-0.0652	0.0545	0.0797	0.0709	0.0947	0.0895	0.0331	-0.0706	-0.0294	0.1573	-0.0108	0.0026	0.1924	0.0041	0.1666	15.095	8.176	10.6131
15	0.1145	-0.0405	-0.3409	1.9242	2.1548	3.0186	-0.0033	-0.0879	0.0182	0.7179	0.1293	-0.0877	0.6489	0.2718	-0.1644	0.4006	0.0607	-0.0689	0.2728	-0.0321	0.238	27.4609	14.4572	38.2519
16	4.1863	-4.4472	-2.3608	6.5508	5.1942	5.1107	0.2441	0.1672	-0.2866	0.2546	-0.1775	0.0676	0.4156	0.0013	-0.0778	0.4622	0.0027	-0.0194	0.2093	0.0043	0.2285	22.7435	14.6553	38.4491
17	2.367	-2.0212	-1.4944	4.4832	2.7475	3.8337	0.13	0.0083	0.0412	0.3416	-0.0276	0.0666	0.491	0.0334	-0.0738	0.3746	-0.025	-0.0136	0.2098	-0.024	0.1944	21.3056	17.4371	40.0673
18	4.6106	-1.9537	-2.1381	3.5527	5.6911	9.6677	-0.0905	-0.3646	-0.475	1.3039	-0.2627	0.0924	1.0498	-0.2229	0.2347	0.9134	0.0005	0.0301	0.2378	0.0379	0.3457	21.1744	10.4088	46.9523
19	5.9589	-5.6589	-1.021	5.6226	0.8985	6.0292	-0.2281	-0.4138	-0.4288	0.3963	0.2862	0.3433	-0.3323	0.1616	-0.0006	0.2572	-0.048	0.0267	0.2534	-0.0376	0.4732	26.1416	44.2611	15.1712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'E' AND (RESID 34 THROUGH 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'E' AND (RESID 70 THROUGH 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'C' AND (RESID 17 THROUGH 35 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'C' AND (RESID 36 THROUGH 54 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 114 THROUGH 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 151 THROUGH 163 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 164 THROUGH 214 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 32 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 33 THROUGH 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 114 THROUGH 141 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 142 THROUGH 164 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 165 THROUGH 210 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'B' AND (RESID 211 THROUGH 221 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'E' AND (RESID 19 THROUGH 33 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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