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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bah | ||||||
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Title | Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / Fab | ||||||
Function / homology | ![]() IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin binding / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bzymek, K.P. / King, J.D. / Williams, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Template-Catalyzed, Disulfide Conjugation of Monoclonal Antibodies Using a Natural Amino Acid Tag. Authors: King, J.D. / Ma, Y. / Kuo, Y.C. / Bzymek, K.P. / Goodstein, L.H. / Meyer, K. / Moore, R.E. / Crow, D. / Colcher, D.M. / Singh, G. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 250.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b9yC ![]() 6b9zC ![]() 6baeC ![]() 4ioiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Antibody | Mass: 23518.004 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: IGKC / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23806.670 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: IGH@ / Production host: ![]() ![]() |
#4: Antibody | Mass: 6037.530 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Protein / Protein/peptide / Non-polymers , 3 types, 676 molecules ED![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Protein | Mass: 6907.657 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#5: Protein/peptide | Mass: 1591.790 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→33.6 Å / Num. obs: 52561 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3714 / CC1/2: 0.623 / Rrim(I) all: 1.06 / % possible all: 97.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ioi Resolution: 1.9→33.575 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→33.575 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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