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Yorodumi- PDB-5u6a: CRYSTAL STRUCTURE OF I83E MEDITOPE-ENABLED TRASTUZUMAB WITH AZIDO... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u6a | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF I83E MEDITOPE-ENABLED TRASTUZUMAB WITH AZIDO-PEG3-MEDITOPE | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / ANTIBODY-DRUG CONJUGATES | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Finegoldia magna (bacteria) Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.736 Å | ||||||
Authors | Williams, J.C. / Bzymek, K.P. / Pucket, J. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Xie, J. / Zer, C. / Horne, D. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure Of I83E Meditope-Enabled Trastuzumab With Azido-PEG3-Meditope Authors: Williams, J.C. / Bzymek, K.P. / Pucket, J. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Xie, J. / Zer, C. / Horne, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u6a.cif.gz | 266.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u6a.ent.gz | 212.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u6a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5u6a_validation.pdf.gz | 461.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5u6a_full_validation.pdf.gz | 465.5 KB | Display | |
Data in XML | 5u6a_validation.xml.gz | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5u6a_validation.cif.gz | 50.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ioiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Antibody | Mass: 23518.004 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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#2: Antibody | Mass: 23774.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#4: Antibody | Mass: 6037.530 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: spa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2UW42, UniProt: P02976*PLUS |
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules ED
#3: Protein | Mass: 6850.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Finegoldia magna (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q51918 |
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#5: Protein/peptide | Mass: 1851.141 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 2 types, 858 molecules
#6: Chemical | ChemComp-MRY / |
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#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 16% PEG 3350 200 MM NACL, PH 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 12, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.736→31.526 Å / Num. obs: 65702 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 2.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.736→1.78 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 3974 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 76.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ioi Resolution: 1.736→31.526 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.736→31.526 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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