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- PDB-6b9y: Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9y
タイトルTrastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant
要素
  • (Trastuzumab Fab ...) x 2
  • Immunoglobulin G binding protein A
  • Protein L
  • meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / Fab / meditope
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / cell envelope / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / cell envelope / IgG binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin binding / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat ...Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin G-binding protein A / Immunoglobulin G binding protein A / Protein L / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Finegoldia magna (バクテリア)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / King, J.D. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2018
タイトル: Template-Catalyzed, Disulfide Conjugation of Monoclonal Antibodies Using a Natural Amino Acid Tag.
著者: King, J.D. / Ma, Y. / Kuo, Y.C. / Bzymek, K.P. / Goodstein, L.H. / Meyer, K. / Moore, R.E. / Crow, D. / Colcher, D.M. / Singh, G. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trastuzumab Fab light chain
B: Trastuzumab Fab heavy chain
E: Protein L
C: Immunoglobulin G binding protein A
D: meditope


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0295
ポリマ－62,0295
非ポリマー00
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.990, 104.600, 116.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 ABC

#1: 抗体 Trastuzumab Fab light chain


分子量: 23518.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01834
#2: 抗体 Trastuzumab Fab heavy chain


分子量: 23806.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6GMX6
#4: 抗体 Immunoglobulin G binding protein A


分子量: 6037.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UW42, UniProt: P02976*PLUS

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 537分子 ED

#3: タンパク質 Protein L


分子量: 6907.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918
#5: タンパク質・ペプチド meditope


分子量: 1758.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→31.35 Å / Num. obs: 36407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 2655 / CC1/2: 0.568 / Rrim(I) all: 1.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ioi

4ioi


解像度: 2.14→29.903 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1821 5 %
Rwork0.1709 --
obs0.1733 36395 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 0 0 535 4867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8656153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1932742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1399-2.19770.28351380.23972614X-RAY DIFFRACTION100
2.1977-2.26240.30691380.22552626X-RAY DIFFRACTION100
2.2624-2.33540.23721380.22112616X-RAY DIFFRACTION100
2.3354-2.41880.2611380.21352626X-RAY DIFFRACTION100
2.4188-2.51560.28251380.19742626X-RAY DIFFRACTION100
2.5156-2.630.22211390.19672641X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.76860.21731390.18832627X-RAY DIFFRACTION100
2.7686-2.94190.26361400.18912660X-RAY DIFFRACTION100
2.9419-3.16880.20131390.17082642X-RAY DIFFRACTION100
3.1688-3.48730.2331400.15922662X-RAY DIFFRACTION100
3.4873-3.99090.20451420.1422691X-RAY DIFFRACTION100
3.9909-5.02420.14491420.12332699X-RAY DIFFRACTION100
5.0242-29.90540.20841500.16692844X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30180.5116-0.78462.72853.47856.6840.01720.15890.0167-0.12840.1782-0.1152-0.2995-0.0859-0.12360.15420.00040.00290.17460.03120.214618.990134.2549.9984
22.6072-0.0243-0.28222.54071.00911.2331-0.01780.07250.13290.0552-00.2626-0.1188-0.12160.02220.19010.0252-0.01950.19020.0210.192110.087728.14558.4763
30.9349-0.4489-0.55621.87881.7813.2065-0.02040.02680.10420.1089-0.00520.15710.0439-0.1537-0.01530.19110.00590.00460.20450.01620.18615.00726.459610.4865
40.61460.47161.87560.36171.43795.70940.0037-0.0747-0.17750.00150.07830.0399-0.0059-0.0141-0.15690.19610.0443-0.0130.1630.01430.178919.593337.774327.5483
52.9755-1.19791.0442.3048-0.1681.43780.2363-0.0068-0.00730.0303-0.0589-0.07050.31790.2437-0.14270.28710.0484-0.00190.187-0.03620.155331.162126.189341.8322
64.785-0.09533.38931.545-0.68973.73080.14080.23320.2326-0.1431-0.0732-0.26040.03570.6853-0.0190.25910.00270.05040.363-0.07130.294739.821127.279238.6584
75.7046-2.96861.17845.6167-0.52345.17040.2171-0.0433-0.6522-0.0723-0.20120.66620.5993-0.50420.03060.2854-0.03630.01020.21490.01040.283117.456931.157230.9129
84.5686-2.40811.81084.0165-1.31814.27150.06090.088-0.33770.23260.0448-0.22850.14180.4501-0.0420.33530.0763-0.08470.2834-0.0320.291839.720820.125844.8316
93.4982-3.64852.92456.716-2.93423.224-0.0562-0.15880.0570.33640.2053-0.3329-0.01050.0692-0.09420.2008-0.0034-0.03410.2197-0.04550.195634.803532.650947.2814
102.1587-0.8820.23472.129-0.02391.66970.05880.06750.0418-0.02530.01510.08190.0403-0.1327-0.07330.17380.01310.00340.18230.01640.196715.60357.45069.4774
110.6624-0.6084-0.37970.81060.95721.60390.0138-0.0008-0.1050.1164-0.04130.07340.1729-0.01490.04030.28630.0090.00770.1749-0.01660.209723.093415.875638.7361
124.6645-1.9444-3.50174.05671.59833.9217-0.1978-0.6246-0.39930.82270.0357-0.42780.60920.54690.18290.44950.03080.01390.27060.06080.271121.891211.31548.466
133.5121-4.722-1.26516.59190.85513.47370.1282-0.26930.05050.03990.013-0.004-0.24060.2261-0.10940.2664-0.0427-0.02220.2339-0.00960.383724.897544.388115.244
144.2585-1.3732-1.69582.5066-0.24212.40870.24120.29460.5243-0.079-0.1144-0.1726-0.34210.0811-0.08740.2643-0.0440.00580.23470.06790.301725.06843.92718.4345
156.3599-1.89960.58166.0170.31445.673-0.0511-0.36420.0420.14470.4979-0.043-0.5090.4058-0.46340.3449-0.0780.03050.37420.04740.351927.246949.204912.668
167.55190.12843.11832.3716-0.58424.10950.2620.4599-0.2076-0.5283-0.10680.25550.0553-0.2894-0.13050.33230.0166-0.04410.308-0.07340.285724.4218-13.6231-2.1765
172.8171-1.81631.35512.1454-0.82752.09230.18890.1868-0.1233-0.2699-0.12570.13370.27530.0294-0.07380.2385-0.0090.01320.1835-0.02620.232427.7907-8.58577.5603
186.8904-0.81884.25594.1301-0.57075.31520.02140.41050.1554-0.4554-0.1214-0.4122-0.2159-0.16850.10590.30160.0430.08970.2590.01740.195432.066-3.71421.4682
196.5097-5.5196-1.70195.58862.70052.1862-0.075-0.24760.62520.28980.3177-0.9073-0.47350.5468-0.2310.4565-0.0147-0.04170.3393-0.06560.389125.970322.876320.5424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 101 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 174 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 175 through 188 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 189 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 113 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 210 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 211 through 223 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 19 through 33 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 34 through 69 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 70 through 81 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 16 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 17 through 35 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 36 through 54 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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