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- PDB-6b3d: Crystal structure of anti-HIV antibody PGT128 in complex with a b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3d
タイトルCrystal structure of anti-HIV antibody PGT128 in complex with a bacterially derived synthetic mimetic of Man9.
要素
  • PGT128 Fab heavy chain
  • PGT128 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / glycan / mannose
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ISOPROPYL ALCOHOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.271 Å
データ登録者Murrell, S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Bacterially derived synthetic mimetics of mammalian oligomannose prime antibody responses that neutralize HIV infectivity.
著者: Pantophlet, R. / Trattnig, N. / Murrell, S. / Lu, N. / Chau, D. / Rempel, C. / Wilson, I.A. / Kosma, P.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PGT128 Fab light chain
H: PGT128 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,00716
ポリマ－47,7862
非ポリマー2,22014
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint37 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.137, 105.204, 145.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 PGT128 Fab light chain


分子量: 22223.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PGT128 Fab heavy chain


分子量: 25562.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6DManpa1-6]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a3-b1_a6-e1_b2-c1_c2-d1_e6-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 165分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.085 M HEPES pH 7.5, 8.5% isopropanol, 10% ethylene glycol, 15% glycerol, and 17% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 25900 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.029 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 22.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TV3

3tv3


解像度: 2.271→36.326 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 1277 4.95 %
Rwork0.163 --
obs0.1648 25806 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.271→36.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3306 0 147 152 3605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6674880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5492132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2713-2.36230.21421300.17442627X-RAY DIFFRACTION98
2.3623-2.46970.23131330.18512692X-RAY DIFFRACTION100
2.4697-2.59990.26081450.19382688X-RAY DIFFRACTION100
2.5999-2.76280.2471390.19542733X-RAY DIFFRACTION100
2.7628-2.9760.2341210.1822706X-RAY DIFFRACTION100
2.976-3.27530.20671420.17542735X-RAY DIFFRACTION100
3.2753-3.74880.19931530.15982742X-RAY DIFFRACTION100
3.7488-4.72150.15781460.13362742X-RAY DIFFRACTION100
4.7215-36.33110.17951680.15372864X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1398-0.03412.00290.62860.17221.61340.0773-0.5478-0.11980.1811-0.0410.11460.2581-0.3841-0.05490.2654-0.04040.00760.32630.00180.198-29.6227-2.176519.9805
22.68390.72892.23951.14140.09852.5857-0.1168-0.57720.16210.0762-0.07480.1009-0.1468-0.68170.19590.301-0.0030.02460.4105-0.08990.2264-33.80834.831422.4946
31.3432-0.86071.93882.101-0.71853.24520.1657-0.2641-0.1214-0.08790.0518-0.0358-0.0742-0.0485-0.10170.188-0.0504-0.0070.27140.01980.1961-28.5509-0.712116.2239
41.04370.04681.41170.3576-0.02892.27340.3261-0.3694-0.28480.1703-0.06430.05690.12990.2238-0.29280.3493-0.0917-0.05150.43210.04350.1982-25.4034-5.57523.6947
52.1782-1.24640.54233.18550.17680.75210.1139-0.0205-0.1208-0.06220.0804-0.17630.20680.176-0.15580.2420.0354-0.02570.2352-0.00430.272-17.8837-27.83152.8759
61.8013-2.71611.28784.2556-1.67672.39950.1053-0.18610.0404-0.0425-0.043-0.13820.22160.1287-0.09290.2073-0.0172-0.01440.22710.01740.2286-26.5045-20.76597.6886
72.1814-0.1088-0.29682.69870.09882.04440.0746-0.12320.02410.11880.0387-0.08240.0277-0.0108-0.15380.24740.043-0.01230.2425-0.00330.2838-21.4879-20.34977.4476
81.9977-1.09440.49341.7140.51651.1555-0.1392-0.3669-0.58220.16750.5054-0.15470.55620.1196-0.1540.46130.1013-0.05980.24690.04430.4536-14.303-34.250811.0046
93.3165-2.91631.0587.7296-1.0311.79320.0946-0.041-0.67890.4341-0.13780.08230.2524-0.0736-0.02110.299-0.02390.01020.24150.0310.4414-26.4435-32.05287.6958
102.14310.1983-0.38762.50431.90232.52750.31590.4019-0.31280.0992-0.1651-0.49820.26140.3163-0.15310.31320.0314-0.12080.3211-0.07770.3565-2.0693-3.841621.3233
112.64920.57991.13121.0166-0.17552.0980.23-0.3285-0.15550.3311-0.1308-0.17010.1811-0.2365-0.07770.312-0.0318-0.0960.26210.00790.2267-8.973-0.054431.9944
122.4210.34290.35661.07210.41333.8760.1015-0.65030.17390.3344-0.07760.0924-0.0651-0.43610.05970.2882-0.0253-0.04580.4606-0.03540.2186-18.1624.122134.0914
131.9145-1.9256-1.22183.50942.16871.88680.05510.0082-0.00350.27480.1339-0.51480.08950.0482-0.17160.27760.0448-0.10860.3047-0.04870.3188-7.5293-6.724517.6812
143.1018-1.57710.62432.7988-0.89151.78910.19330.0396-0.5092-0.26440.16660.06840.1076-0.4842-0.22250.2886-0.0146-0.05380.4020.01010.3447-15.0984-31.007-4.8272
151.6975-0.03981.02371.79550.30242.4565-0.0542-0.1150.04710.21730.1944-0.4711-0.0354-0.0093-0.1040.19740.0285-0.02080.1898-0.03090.3492-7.5338-21.0174-1.5695
161.6434-0.24470.31962.21310.72221.54130.1025-0.19540.07620.14710.1297-0.30510.1622-0.2635-0.16440.19720.0003-0.01030.2123-0.00230.2861-12.6838-21.0386-0.996
173.41490.08231.84772.20281.3043.33920.00640.2363-0.2036-0.02140.2043-0.50010.0970.2341-0.17730.224-0.00210.04410.224-0.03370.3927-5.0752-25.6569-7.807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 3 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 50 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 76 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 93 through 106A)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 107 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 138 through 150 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 151 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 174 through 187 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 188 through 210 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 2 through 17 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 18 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 88 through 100I)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 100J through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 120 through 134 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 135 through 157 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 158 through 188 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 189 through 215 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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