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Yorodumi- PDB-6b0s: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b0s | ||||||
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Title | Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain in complex with 1710 antibody | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / alpha thrombospondin type-1 repeat | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Citation | Journal: J. Exp. Med. / Year: 2018 Title: Rare PfCSP C-terminal antibodies induced by live sporozoite vaccination are ineffective against malaria infection. Authors: Scally, S.W. / Murugan, R. / Bosch, A. / Triller, G. / Costa, G. / Mordmuller, B. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Levashina, E.A. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b0s.cif.gz | 209 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b0s.ent.gz | 166 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b0s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6b0s_validation.pdf.gz | 455.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6b0s_full_validation.pdf.gz | 456.9 KB | Display | |
Data in XML | 6b0s_validation.xml.gz | 23.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6b0s_validation.cif.gz | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6b0wC 3vdjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules C
#3: Protein | Mass: 9431.616 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: csp / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: M1V0B0 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 23940.674 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 22629.990 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 3 types, 382 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-IPA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 200 mM MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97948 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. obs: 35815 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4909 / Rpim(I) all: 0.295 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1710 Fab, 3VDJ Resolution: 1.95→39.789 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→39.789 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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