PDB-6b0g: Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission block...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b0g

タイトル

Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission blocking antibody 1245

要素

1245 Antibody, Heavy Chain
1245 Antibody, Light Chain
25 kDa ookinete surface antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Transmission blocking vaccine / malaria / antibody / EGF-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

McLeod, B. / Scally, S.W. / Bosch, A. / King, C.R. / Julien, J.P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular definition of multiple sites of antibody inhibition of malaria transmission-blocking vaccine antigen Pfs25.
著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / ...

履歴

登録	2017年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b0g.cif.gz	258.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b0g.ent.gz	205.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6azzC 6b08C 6b0aC 6b0eC 6b0hC 1z27S 5d1xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zpt-2 4rrp-5 6b0e-d 4zpv-2 6c6y-2 6tl4-d 6c6y-1 5vag-d 6phc-1 6ayz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 1245 Antibody, Light Chain

D: 1245 Antibody, Heavy Chain

E: 25 kDa ookinete surface antigen

ヘテロ分子

69.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.772, 83.692, 76.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	1245 Antibody, Light Chain 分子量: 24081.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	1245 Antibody, Heavy Chain 分子量: 24450.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25 分子量: 20104.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 1 M lithium chloride, 20 % (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 51093 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_pim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7230 / R_pim(I) all: 0.351 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XPREP		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D1X, 1Z27

5d1x

1z27

解像度: 1.9→38.989 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	2003	3.92 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1653	51072	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4534	0	30	546	5110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	6341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.66	2866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.335	142	0.2711	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.247	148	0.2331	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.059	0.2816	139	0.2079	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.1255	0.2391	148	0.1909	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2014	0.2353	145	0.1856	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2014-2.2896	0.2342	141	0.1783	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.2198	142	0.1755	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5199	0.2381	144	0.1716	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.6778	0.2213	134	0.1636	3494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6778-2.8845	0.2229	147	0.1665	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-3.1746	0.2064	138	0.1578	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1746-3.6337	0.1807	144	0.1365	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6337-4.577	0.1438	146	0.123	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.577-38.9974	0.1462	145	0.1582	3587	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6349	-0.3856	-0.8773	1.8708	-0.2031	2.2049	0.1878	-0.0707	0.3699	0.0868	0.0004	0.0242	-0.2907	0.2139	-0.1855	0.2506	-0.0679	0.0175	0.1388	-0.0337	0.1678	259.6231	177.7692	115.8872
2	3.6223	1.948	-1.4956	3.0902	0.6081	4.0608	-0.059	0.1949	-0.2508	-0.1242	0.175	-0.1961	0.0319	0.5763	-0.0572	0.1384	-0.0439	-0.0036	0.1916	-0.0262	0.1523	263.2614	166.4731	110.8501
3	5.1747	-0.4548	-0.6455	6.463	1.1181	2.8233	0.095	-0.4558	-0.1282	0.2996	0.0278	-0.3238	-0.2033	0.5372	-0.1054	0.1996	-0.0912	0.0092	0.2142	0.0011	0.1276	263.4135	170.5258	121.2888
4	4.6162	0.6901	-2.2184	1.7009	-0.2422	2.9664	-0.1136	-0.1158	-0.3437	0.1857	-0.0368	-0.1618	0.0819	0.5634	0.1807	0.1971	-0.0366	0.0014	0.2063	-0.0381	0.1585	268.4784	170.4043	112.359
5	2.7026	0.7205	-2.0422	0.8241	-0.9422	1.7046	0.16	-0.3138	0.0542	0.1043	-0.1115	0.1038	-0.1172	0.1582	-0.0343	0.2035	-0.0527	-0.0039	0.1235	-0.0334	0.1495	264.9854	176.7094	107.3208
6	2.3513	0.197	0.761	1.67	-0.7839	3.9646	-0.0684	0.336	0.2698	-0.2691	0.1714	0.105	0.0564	-0.0679	-0.0907	0.124	-0.0243	-0.0103	0.1343	0.0579	0.1705	274.8741	183.4663	82.0837
7	2.6006	0.8361	1.1128	1.9185	-0.7762	6.3116	-0.1427	0.2506	0.2553	-0.3144	0.1144	-0.0245	-0.1893	0.112	0.0333	0.1238	0.0123	0.0362	0.1185	0.0315	0.1904	277.5081	185.1342	83.1924
8	1.2621	0.3101	-1.1328	1.281	-1.1413	4.3723	-0.017	0.0746	-0.0505	-0.0865	-0.0002	-0.0421	0.1502	0.1457	0.0223	0.1073	-0.0165	-0.0332	0.0912	0.0134	0.1192	252.133	158.8561	100.2782
9	1.3784	-1.2579	1.7798	2.7556	-0.391	3.3987	0.0214	0.2741	0.4298	-0.008	0.204	0.4765	-0.264	-0.3069	-0.2637	0.1492	0.0157	0.0092	0.0929	0.0536	0.2087	243.4446	164.8839	105.5632
10	3.1266	-2.9644	1.1507	8.6728	-5.7187	5.2236	0.0114	0.1872	0.101	-0.2275	0.0725	0.11	0.2782	-0.1855	-0.0731	0.1412	-0.021	-0.0553	0.1434	0.0246	0.1463	243.6468	157.1231	99.7492
11	1.0818	0.3101	-1.456	0.2973	-1.3256	6.2175	0.0791	0.0522	0.1456	0.0699	0.0666	0.1242	-0.2874	-0.0888	-0.1458	0.1482	-0.0243	0.0011	0.0618	-0.001	0.1398	250.3766	163.4818	105.5173
12	5.3642	0.448	-0.459	1.2518	-0.3572	2.3873	0.0202	0.3687	0.0769	-0.1514	0.0696	-0.128	0.0224	0.0352	-0.0897	0.1556	-0.0052	-0.0047	0.1111	-0.0368	0.1129	275.4255	170.1563	79.4985
13	6.4773	0.8882	0.5872	1.3537	0.1007	1.9851	-0.0997	0.2422	-0.1345	-0.0882	0.0544	-0.1226	0.0893	-0.0108	0.0406	0.1314	0.0051	-0.0152	0.0885	0.0034	0.1074	278.406	168.6114	82.3137
14	5.6405	6.1987	-0.1122	7.1795	-0.377	1.328	-0.6516	0.9067	-0.6887	-0.9041	0.5103	-0.6599	0.1359	0.0024	0.0376	0.3178	-0.0351	0.04	0.3306	-0.1031	0.2677	280.971	166.2531	73.4962
15	5.3149	-0.3327	0.463	1.8147	0.4367	5.5109	0.1968	0.0044	0.3522	0.1089	0.0043	0.2076	0.0315	-0.3294	-0.1575	0.1152	-0.0072	0.0265	0.1132	0.0201	0.1699	238.4954	156.0592	132.5236
16	4.1494	3.1963	1.6907	6.4273	3.0262	2.7996	0.0743	0.2073	0.6098	-0.341	0.1623	0.5975	-0.6753	-0.2922	-0.1011	0.374	0.0561	0.179	0.1928	0.0374	0.3645	234.973	168.8779	132.7828
17	1.0374	-1.232	0.2909	5.7537	1.7548	1.0738	0.2637	-0.5246	0.6215	0.1986	0.2661	0.6057	-0.9821	0.0379	-0.1798	0.738	0.011	0.4155	0.3046	-0.0956	0.7695	238.6782	180.6069	139.6805
18	1.4709	0.1252	-0.3181	3.5528	-0.1473	4.4732	0.18	-0.2247	0.1444	0.5521	0.1147	-0.285	-0.2961	0.5572	-0.2646	0.2713	-0.0773	0.0077	0.3277	-0.1105	0.2212	252.3098	163.7622	138.76
19	0.8127	-0.7182	0.1135	0.6953	-0.2888	0.8216	-0.1354	-0.5016	0.2198	0.1233	0.4525	-0.5028	0.298	1.2084	-0.231	0.1923	0.1174	-0.0729	0.5035	-0.1285	0.2361	258.4974	152.5864	130.1534
20	5.0532	1.4963	-3.7056	3.2151	-0.3852	3.7171	-0.444	0.0139	-0.8466	-0.0296	0.306	-0.1462	0.6955	0.2882	0.1809	0.2604	0.0474	-0.0163	0.1824	-0.0302	0.1644	247.0668	145.6263	127.3691
21	5.3295	3.2799	-0.9247	3.726	0.0929	1.1422	-0.3218	0.3386	0.0528	-0.4156	0.3568	0.3883	0.5088	-0.6969	-0.0158	0.2091	-0.1028	-0.0409	0.2966	0.054	0.1709	235.5391	150.182	122.1487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 33 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 49 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 76 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 91 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 114 through 163 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 164 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 2 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 45 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 64 through 82 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 82A through 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 112 through 162 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 163 through 208 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 209 through 220 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 3 through 25 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 26 through 43 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 44 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 74 through 109 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 110 through 129 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 130 through 139 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 140 through 159 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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