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- PDB-6tl4: Photosensory module (PAS-GAF-PHY) of Glycine max phyB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl4
タイトルPhotosensory module (PAS-GAF-PHY) of Glycine max phyB
要素Phytochrome
キーワードPLANT PROTEIN / phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phycocyanobilin linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phytochrome B-2
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Hughes, J.E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 1078 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: Structural insights into photoactivation and signalling in plant phytochromes.
著者: Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Feiler, C. / Weiss, M. / Kraskov, A. / Buhrke, D. / Hildebrandt, P. / Hughes, J.
履歴
登録2019年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4852
ポリマ－59,8961
非ポリマー5891
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The PAS-GAF-PHY fragment behaves as monomer in solution. The apparent molecular weight calculated from the elution peak from the gel filtraction chromatography corresponds to that of the monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.269, 102.269, 222.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Phytochrome


分子量: 59896.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: 100794865, GLYMA_15G140000 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I1MGE5
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.15 % / 解説: Hexagonal bipyramid
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200mM MES, 200mM KSCN, 200mM LiCl2, 1% w/v gamma-PGA, 3% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.17 Å / Num. obs: 30704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 85.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.238 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.251 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 5.838 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4420 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 1.893 / Rrim(I) all: 6.14 / Χ2: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUR

4our


解像度: 2.9→47.17 Å / SU ML: 0.4858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4519
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 1550 5.09 %
Rwork0.257 --
obs0.2582 30475 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 121.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3789 0 43 2 3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00943919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39175330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3242575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.47021320.45692520X-RAY DIFFRACTION95.98
2.99-3.10.40091440.3792582X-RAY DIFFRACTION99.24
3.1-3.220.3711340.36232575X-RAY DIFFRACTION99.34
3.23-3.370.33611510.33862571X-RAY DIFFRACTION98.95
3.37-3.550.3541490.32792622X-RAY DIFFRACTION99.57
3.55-3.770.28981680.282573X-RAY DIFFRACTION99.56
3.77-4.060.29851490.25512616X-RAY DIFFRACTION99.78
4.06-4.470.28561540.2292620X-RAY DIFFRACTION99.78
4.47-5.120.18681170.21752704X-RAY DIFFRACTION99.89
5.12-6.440.32621250.25942704X-RAY DIFFRACTION99.68
6.45-47.170.21771270.21062838X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.488654921460.471048081185-0.7998034888434.006759992592.192455069495.575556078620.172549483881-0.01334105936370.483054318-0.2130086884170.169222950124-0.217648723329-1.382471021060.445297426334-0.3330495750471.108149091960.3268665530410.03040345017180.764356899398-0.03141294892730.755693112182-27.4619134126-17.625205465925.009368246
21.88940907457-2.35400130975-0.7393485441374.598966621451.615295257820.497133182067-0.225832782289-0.402567225050.1955654032230.426803327310.649093125777-0.155233013534-0.05529902774340.339131446657-0.3299816682441.237630817010.445817747421-0.01617960411170.894121978354-0.05918359359310.660436033531-26.0336941315-34.857371119524.4978680915
31.03470192943-1.045165850320.4483340370854.46256580712-1.471191817794.484803958660.2880296856740.351797966329-0.090045277067-0.582008712352-0.430178158443-0.7505885449491.368447606870.9824600773210.1940977081541.106574231020.5137290629430.05549603502921.189397437760.01976795778220.680281326996-12.432769924-61.719091915113.1902966732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 95 through 345 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 346 through 448 or resid 700 through 702 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 449 through 618 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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