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- PDB-1dlt: STRUCTURE OF CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE FROM ACINETOBACTER SP. ADP1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dlt
タイトルSTRUCTURE OF CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE FROM ACINETOBACTER SP. ADP1 WITH BOUND CATECHOL
要素CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / METALLOENZYME / DIOXYGENASE / AROMATIC HYDROCARBON DEGREDATION / ALPHA/BETA MOTIF / SUBSTRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CATECHOL / : / Chem-LIO / Catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The 1.8 A crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase reveals a novel hydrophobic helical zipper as a subunit linker.
著者: Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1988
タイトル: DNA Sequence of the Acinetobacter calcoaceticus Catechol 1,2-dioxygenase I Structural Gene catA: Evidence for Evolutionary Divergence of Intradiol Dioxygenases by Aquisition of DNA Sequence Repetitions
著者: Neidle, E.L. / Harnett, C. / Bonitz, S. / Ornston, L.N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Psuedomonas aeruginosa at 2.15 A Resolution
著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of Substrate and Substrate Analog Complexes of Protocatechuate 3,4-dioxygenase: Endogenous Fe+3 Ligand Displacement in Response to Substrate Binding.
著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
履歴
登録1999年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3748
ポリマ－68,7682
非ポリマー1,6066
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.800, 87.500, 84.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly of the molecule is a homodimer consisting of subunit A and subunit B related by a non-crystallographic two-fold

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要素

#1: タンパク質 CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE / 1 / 2-CTD


分子量: 34384.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07773, catechol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CAQ / CATECHOL / 1,2-DIHYDROXYBENZENE / カテコ-ル


分子量: 110.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O2
#4: 化合物 ChemComp-LIO / [1-PENTADECANOYL-2-DECANOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYL CHOLINE


分子量: 636.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H67NO8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-15% Peg5000, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, .2M MgAcetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160 mg/mlprotein1drop
215 %PEG50001reservoir
3200 mMmagnesium acetate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 58895 / Num. obs: 54078 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.89→1.95 Å / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Num. unique all: 8580 / % possible all: 84.9
反射
*PLUS
Num. obs: 61083 / % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5528 -Random 10% of observed reflections with an I/sigma > 0
Rwork0.189 ---
all0.189 60009 --
obs0.189 54078 90.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 104 246 5164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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