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- PDB-6ay9: Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ay9
タイトルStructure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with CPSF6 peptide
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
  • HIV-1 capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid protein / hexamer / CPSF6 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-end processing ...exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-end processing / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / mRNA 3'-end processing / paraspeckles / RNA Polymerase II Transcription Termination / protein heterotetramerization / viral budding via host ESCRT complex / ribosomal large subunit binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Signaling by FGFR1 in disease / protein tetramerization / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / mRNA processing / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / mRNA binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain ...Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Gag polyprotein / Gag polyprotein / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI120860 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multidisciplinary studies with mutated HIV-1 capsid proteins reveal structural mechanisms of lattice stabilization.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / McFadden, W.M. / Du, H. / Liu, D. / Xu, C. / Bryer, A.J. / Perilla, J.R. / Shi, J. / Aiken, C. / Fu, X. / Zhang, P. / Francis, A.C. / Melikyan, G.B. / Sarafianos, S.G.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 capsid protein
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,81712
ポリマ－26,9142
非ポリマー90310
水55831
1
A: HIV-1 capsid protein
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,90372
ポリマ－161,48312
非ポリマー5,41960
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area34350 Å2
ΔGint-410 kcal/mol
Surface area60640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.675, 92.675, 58.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 capsid protein


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 133-363 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Pre-mRNA ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Pre-mRNA cleavage factor Im 68 kDa subunit / Protein HPBRII-4/7


分子量: 1283.472 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 276-287 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16630
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033203 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033203 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.03 Å / Num. obs: 9956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 60.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 55693 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.65.50.711190.5830.3260.774100
9.01-47.035.40.0332330.9980.0170.03799.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.43 Å47.03 Å
Translation5.43 Å47.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.11.1-2575_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimless0.5.32データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XFX

4xfx


解像度: 2.5→47.03 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 598 6.01 %
Rwork0.2421 --
obs0.2438 9950 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.31 Å2 / Biso mean: 75.0984 Å2 / Biso min: 31.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 10 31 1832
Biso mean--97.14 62.36 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4962501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3531128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5002-2.75180.37321670.356122952462
2.7518-3.14990.32171810.291322842465
3.1499-3.96820.26061230.235923562479
3.9682-47.04030.23911270.216424172544
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0209-0.0141-0.0459-0.0278-0.0120.0220.4175-0.6137-0.8784-0.1450.07930.3871-0.01650.3877-00.6082-0.10770.02970.57890.15160.4241-0.8425-12.32916.425
20.05450.1679-0.08980.14060.2230.0798-0.03550.03680.496-0.09580.0277-0.6334-0.01950.0248-00.3889-0.04610.09260.40550.02720.47442.6861-16.8541-3.5367
3-0.1222-0.52770.03650.49110.16280.5186-0.0978-0.0935-0.09730.06610.0843-0.08370.09950.232100.377-0.02190.05790.33350.08160.409-3.0178-29.41713.9272
4-0.00910.1059-0.01510.0034-0.05690.015-0.2041-0.19-0.2595-0.2422-0.6090.32980.03680.1919-00.7638-0.07670.24260.4560.09980.7701-6.9677-34.09823.4212
50.04940.1563-0.14240.1575-0.07720.13410.0309-0.72110.52990.6430.36231.1255-0.07960.0322-00.8840.08920.25450.6774-0.11780.6967-4.6858-24.418919.5162
60.08920.11260.00440.3069-0.18050.0586-0.083-0.0772-0.14630.2413-0.1395-0.41750.2702-0.075300.3311-0.01260.0530.46130.06680.56994.055-29.70513.3586
7-0.04740.01650.12930.20950.28030.3487-0.15470.24020.4173-0.50980.21150.36960.3029-0.209700.76940.2009-0.07760.63890.06220.439820.413-29.1626-18.8508
80.10550.12760.2264-0.01830.07630.16960.6525-0.7670.81830.3643-2.33141.46351.2063-1.511300.10770.7411-0.248-0.33750.81140.233722.4013-24.373-12.9681
90.0380.1032-0.02560.3250.01110.0924-0.0802-0.20430.3353-0.31320.0496-0.08570.66080.180100.48380.0830.00160.41980.06580.362524.5689-34.7574-6.7743
10-0.00310.03290.00930.0080.02620.0268-0.34050.3289-0.0039-0.1985-0.1563-0.3320.27210.21700.55120.1672-0.02810.9681-0.04810.833636.2604-28.673-18.2179
110.0293-0.0379-0.10030.00590.1340.1148-0.5152-0.36110.182-0.05130.2012-0.37160.47531.089-00.54830.05820.05880.74530.12880.789735.832-21.8359-11.3324
12-0.01330.0536-0.0017-0.00860.03480.024-0.1933-0.71-0.04920.3033-0.44520.04020.0894-0.6215-00.3678-0.15540.1110.66150.01830.1538-11.9718-31.86723.1623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 43 )A17 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 83 )A44 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 104 )A84 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 105 through 125 )A105 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 144 )A126 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 145 through 160 )A145 - 160
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 161 through 174 )A161 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 175 through 192 )A175 - 192
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 193 through 205 )A193 - 205
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 206 through 221 )A206 - 221
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 313 through 324 )B313 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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